Mặc dù có nhiều thuận lợi đáng khích lệ về khả năng ứng dụng mô hình hồi quy kinh tế lượng trong xây dựng cơ cấu vốn hợp lý cho doanh nghiệp như đã trình bày nhưng vẫn còn tồn tại những khó khăn nhất định như sau:
- Một số doanh nghiệp vẫn còn tâm lý bảo thủ, thậm chí không quan tâm đến những kỹ thuật, những mô hình ứng dụng hiện đại mà chủ yếu chỉ căn cứ vào kinh nghiệm để ra quyết định tài chính, kể cả quyết định xây dựng cơ cấu vốn tài trợ cho hoạt động kinh doanh.
- Nguồn nhân lực có trình độ chuyên môn cao trong lĩnh vực tài chính vẫn đang trong tình trạng thiếu, hầu như các doanh nghiệp Việt Nam thiếu chức danh giám đốc tài chính.
- Vấn đề minh bạch thông tin và khả năng kiểm soát vấn đề người đại diện trong các doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp nhà nước còn kém, nhiều doanh nghiệp thiếu vắng hệ thống kiểm soát nội bộ, không quan tâm đến việc kiểm toán báo cáo tài chính, thậm chí còn có quan điểm coi kiểm toán, kiểm soát như là những cảnh sát đi tìm tội phạm mà không nhận thấy được vai trò tư vấn của họ, thông tin cảnh báo từ bộ phận kiểm toán, kiểm soát chính là căn cứ để doanh nghiệp tìm kiếm biện pháp thích hợp nâng cao hiệu quả kinh doanh, ra các quyết định hợp lý hơn.
- Thông tin kinh tế vĩ mô được cung cấp từ các cơ quan thống kê chưa cập nhật một cách kịp thời và đầy đủ.
- Mỗi mô hình hồi quy chỉ có thể thích hợp với từng doanh nghiệp, không thể sử dụng mô hình đã xây dựng cho doanh nghiệp này áp dụng cho doanh nghiệp khác, hoặc đã xây dựng cho ngành này lại đem ứng dụng cho ngành khác,… mà tùy theo đặc điểm về hoạt động của từng đơn vị mà có sự lựa chọn các biến thích hợp. Ngay cả như ở những thời kỳ, giai đoạn phát triển khác nhau, hoạt động trong môi trường kinh tế đã thay đổi cũng phải tiến hành xây dựng lại mô hình cho phù hợp. Điều này đòi hỏi các doanh nghiệp phải thường xuyên thiết lập mô hình để đánh giá đúng và đầy đủ những ảnh hưởng của các nhân tố đến cơ cấu vốn, từ đó ra quyết định hợp lý đảm bảo mục tiêu gia tăng giá trị doanh nghiệp.