việc lập và quản lý hồ sơ địa chính, quản lý hợp đồng sử dụng đất, thống kê, kiểm kê cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất còn nhiều bất cập
Ở nước nào cũng vậy các giao dịch chính quy hợp pháp về đất đai phải thông qua hệ thống hồ sơ có đủ cơ sở pháp lý. Hệ thống hồ sơ này phải do các cơ quan có thẩm quyền lập, lưu giữ, và cung cấp khi phát sinh các giao dịch về đất đai. Hơn thế nữa mà thông qua việc lập hồ sơ địa chính Nhà nước nắm
chắc được nguồn tài nguyên này làm cơ sở cho kế hoạch sử dụng đất, kế hoạch chuyển quyền sử dụng đất.
Nhà nước cũng như các địa phương đã có nhiều chủ trương để thúc đẩy việc lập, quản lý hồ sơ địa chính, tăng cường quản lý sử dụng đất đai, ngăn chặn hiện tượng giao đất, mua bán, chuyển nhượng, sử dụng trái phép đất đai.
Nhưng có thể nói cho đến nay hồ sơ địa chính, sổ sách thống kê đất đai, quản lý hợp đồng sử dụng còn nhiều bất cập, đo đạc, kiểm tra, sao chép… có nhiều sai sót gây nên những tranh chấp khiếu kiện cần trở việc thu hồi đất đai cho các dự án. Thí dụ: việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất trong thư giử Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Văn An. Thủ trưởng Bộ Tài Nguyên và Môi trường GS. TSKH Đăng Hùng Võ có viết: "Việc cấp giấy chứng nhận được triển khai từ năm 1993. Đến nay, đất sản xuất nông nghiệp đã cấp được 12.194.911 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho diện tích 7011.454 ha, đạt 76.5% tổng diện tích… Đất đô thị cấp được 1.068.319 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và 905.039 giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất ở đạt 48,8% tổng số hộ; đất ở nông thôn cấp được 8.205.878 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đạt 67.8% tổng số hộ…".
Như vậy, đất sản xuất nông nghiệp vẫn còn 24%, đất ở nông thôn còn 32%, đất ở thành thị còn 51.2% chưa có giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.