Mặc dù, giá trị sản xuất nông lâm thuỷ sản của Tỉnh năm 2005 đạt 1.905 tỷ đồng (theo giá 1994), chỉ chiếm 1% giá trị sản xuất nông lâm thuỷ sản của cả n−ớc, nh−ng sản l−ợng l−ơng thực của Tỉnh sản xuất chiếm 9,8% sản l−ợng l−ơng thực của cả n−ớc.
Tốc độ tăng giá trị sản xuất nông nghiệp của Tỉnh giai đoạn 2000-2005 bình quân lμ 4,3%/năm. Trong cơ cấu giá trị sản xuất nông nghiệp (theo giá năm hiện hμnh): năm 2000 trồng trọt chiếm 70,4%, chăn nuôi chiếm 25,8%, dịch vụ chiếm 3,8%, đến năm 2005 cơ cấu nμy lần l−ợt lμ: 70,8%, 26,3%, 2,9%, có tiến bộ hơn so với cơ cấu giá trị sản xuất nông nghiệp của cả n−ớc lμ: 75%, 23%, 2%. Tuy nhiên, cơ cấu sản xuất nông nghiệp nμy vẫn lμ lạc hậu, tốc độ chuyển dịch cơ cấu sản xuất trong nông nghiệp còn chậm, ch−a rõ nét (tỷ trọng chăn nuôi ch−a v−ợt qua đ−ợc giới hạn 30%).
Ngoại trừ, năng suất lúa cả năm, năng suất cây bông vải của Phú Yên cao hơn năng suất bình quân chung của cả n−ớc (năng suất lúa cả năm của Phú Yên năm 2005 lμ 54,1 tạ/ha, còn năng suất lúa cả năm bình quân chung của cả n−ớc đạt 48,9 tạ/ha, năng suất lúa Phú Yên chỉ đứng sau 5 tỉnh: Bắc Ninh, Hμ Tây, Hải D−ơng, Thái Bình, An Giang; Năng suất cây bông vải của Phú Yên cao gấp 1,3 lần của cả n−ớc), còn lại các loại cây công nghiệp hμng năm khác đều thấp hơn năng suất bình quân chung của cả n−ớc. Ví dụ, vμo năm 2005, năng suất ngô của Phú Yên chỉ bằng 58% năng suất ngô của cả n−ớc, năng suất mía bằng 84,3%, năng suất lạc bằng 44,4%, năng suất đậu t−ơng bằng 53%, năng suất cây thuốc lá bằng 70%. Nh− vậy, có thể thấy hiệu quả sản xuất nông nghiệp của Tỉnh ch−a cao, trình độ sản xuất thấp.
Với thế mạnh sản xuất một vμi mặt hμng hμng nông sản (sản xuất lúa đứng đầu các tỉnh duyên hải miền Trung, diện tích trồng mía đứng đầu trong cả n−ớc, sản l−ợng nuôi tôm sú, tôm hùm thuộc loại cao so với nhiều tỉnh khác) hμng năm sản l−ợng sản xuất của các mặt hμng nμy không những đã đáp ứng nhu cầu tiêu thụ trên địa bμn, mμ còn đ−a tiêu thụ ở các tỉnh khác vμ xuất khẩu. Do chất l−ợng gạo của Phú Yên ch−a đạt yêu cầu xuất khẩu nên chủ yếu đ−ợc tiêu thụ tại các tỉnh miền Trung vμ Tây Nguyên. Các nông sản khác nh−: cμ phê, mía, sắn, tôm, hạt điều chủ yếu lμm nguyên liệu cho các nhμ máy chế biến trên địa bμn, hay bán thô ra ngoμi tỉnh. Nh− vậy, khả năng phát luồng th−ơng mại các sản phẩm nông nghiệp của tỉnh chủ yếu dựa vμo tính chất đặc sản, hoặc nguyên liệu cho sản xuất của các nhμ máy chế biến nông sản chứ không phải do năng suất gieo trồng cao lμm cho hạ giá thμnh, hoặc đ−ợc so với một số l−ợng hμng hoá lớn.
Theo số liệu thống kê của cuộc Tổng điều tra nông nghiệp, lâm nghiệp, thuỷ sản năm 2006, vμo ngμy 01/7/2006, Phú Yên có 71,2% số hộ ở nông thôn có nguồn thu nhập lớn nhất từ hoạt động sản xuất nông, lâm thuỷ sản, cao hơn mức bình quân của cả n−ớc (67,9%). Phú Yên có 102.299 hộ nông nghiệp ở
nông thôn với mức tích luỹ bình quân 4,581 triệu đồng/năm, bằng 95,7% mức chung của cả n−ớc. Về kinh tế trang trại thì cũng tại thời điểm trên, Phú Yên có 2.735 trang trại. Giá trị sản phẩm vμ dịch vụ nông, lâm thuỷ sản bán ra bình quân của 1 trang trại mới chỉ đạt 107,5 triệu đồng, bằng 67,8% mức bình quân của cả n−ớc, thu nhập tr−ớc thuế bình quân 1 trang trại ở Phú Yên đạt 36,5 triệu đồng, bằng 59% mức bình quân của cả n−ớc. Nh− vậy, đại đa số ng−ời nông dân Phú Yên có thu nhập thấp, đời sống còn gặp nhiều khó khăn.