UBCKNN đã tạo nhiều điều kiện thuận lợi hơn cho các NĐTNN khi đầu tư vào TTCK Việt Nam, tuy nhiên bên cạnh đó vẫn còn không ít những khó khăn và hạn chế trong việc thu hút và quản lý vốn trên TTCK Việt Nam.
Một là, tuy qui mô thị trường đã lên cao, song quan hệ cung và cầu chứng khoán nhiều lúc mất cân đối gây nên những biến động cho thị trường, do vậy thị trường chứng khoán hoạt động chưa thực sự ổn định vững chắc.
Hai là, hệ thống văn bản pháp lý điều chỉnh hoạt động thị trường cần được tiếp tục hoàn chỉnh, đặc biệt đối với những hoạt động mới phát sinh như giao dịch repo, cầm cố chứng khoán, giao dịch cổ phiếu chưa niêm yết tại các công ty chứng khoán.
Ba là, tính công khai minh bạch của TTCK thông qua công bố thông tin của công ty niêm yết đã từng bước được nâng lên, tuy nhiên nội dung, chất lượng và thời gian công bố thông tin chưa đáp ứng được yêu cầu cho công tác quản lý và thông tin cung cấp cho thị trường.
Bốn là, hoạt động của thị trường chứng khoán tự do còn khá rộng, thiếu tính công khai, minh bạch, không được tổ chức quản lý và giám sát nên khả năng xảy ra rủi ro rất cao, gây mất ổn định cho thị trường chính thức và cả hệ thống tài chính.
Năm là, hệ thống cơ sở hạ tầng, đặc biệt về hệ thống công nghệ thông tin của sở giao dịch chứng khoán, Trung tâm GDCK, công ty chứng khoán cho thấy có bất cập trước sự phát triển quá nhanh của thị trường đòi hỏi cần phải có sự đầu tư, nâng cấp hệ thống.