Vấn đề quản lý rủi ro trong hoạ t động bảo lãnh luôn được Vietcombank xem trọng. Bên cạnh mạng lưới ngân hàng đại lý rộng khắp trên toàn cầu, Vietcombank cũng thường xuyên cập nhật thông tin và phối hợp với các tổ
chức phòng chống tội phạm trên thế giới như: Cục Điều tra Tội phạm Tài chính (Financial Investigation Bureau – FIB), Cảnh sát quốc tế (Interpol), trong việc quản lý rủi ro trong hoạt động này. Cùng với đó, Vietcombank còn tổ chức một phòng ban chuyên biệt đặt tại Hội sở để phục vụ cho hoạt động thanh toán quốc tế, bảo lãnh nước ngoài và các hoạt động hợp tác quốc tế khác – phòng Quan hệ đại lý. Phòng này có chức năng thu thập và xử lý các thông tin về các ngân hàng đại lý và thông qua các ngân hàng đại lý để tìm kiếm thông tin từ các đối tác khác khi được yêu cầu. Mặt khác, phòng này cũng có nhiệm vụ phối hợp với các chi nhánh trong việc xác thực chữ ký, con dấu trên cam kết bảo lãnh, cung cấp thông tin khi chi nhánh có yêu cầu cũng như phát đi các thông tin cảnh báo toàn hệ thống Vietcombank khi cần thiết.
Bên cạnh đó, tại các chi nhánh, đặc biệt là các chi nhánh lớn có số lượng cam kết bảo lãnh phát hành hàng năm khá lớn và giá trị cao, có tổ chức phòng Bảo lãnh hoạt động độc lập nhằm chuyên môn hóa trong tác nghiệp và tạo thuận lợi cho việc kiểm soát rủi ro trong hoạt động bảo lãnh. Tuy không thực hiện một cách chính thức nhưng các phòng Bảo lãnh này thường xuyên trao đổi kinh nghiệm và sẵn sàng hỗ trợ các chi nhánh khác trong hoạt động bảo lãnh. Ngoài ra, để tạo sự riêng biệt và góp phần kiểm soát rủi ro, các cam kết bảo lãnh do Vietcombank phát hành đều được đánh số theo chương trình mã hóa và đều được in bằng giấy chuyên biệt có logo màu của ngân hàng. Trong phân công thẩm quyền ký trên thư bảo lãnh/hợp đồng bảo lãnh cũng có những điểm đặc biệt riêng để góp phần tránh bị làm giả.