Khung pháp lý chưa đ ầy đủ khiến cho việc thực hiện các quy định về điều hành doanh nghiệp tại các doanh nghiệp niêm yết hiện nay chưa cụ thể, thiếu đồng bộ và mang nặng tính hình thức. Thực trạng này đã và đang gây ra nhi ều bất cập cho cả doanh nghiệp và cổđông.
Do những quy định về tỷ lệ biểu quyết không phù hợp với thực tế nên nhiều cuộc đại hội cổ đông đã không kết thúc thành công làm cho tốn kém rất nhiều chi phí. Theo quy định của Luật Doanh nghiệp, muốn tổ chức đại hội đồng cổ đông thì phải
đáp ứng tối thiểu 65% cổ phần có quyền biểu quyết dự họp, trường hợp lấy ý kiến bằng văn bản tối thiểu 75%.
Ngoài ra tổ chức đại hội đồng cổđông thường niên thì không được lấy ý kiến bằng văn bản, buộc phải tổ chức đại hội. Ngoài ra những vấn đề như sửa đổi điều lệ, bổ sung điều lệ, bầu thành viên HĐQT đều không được lấy ý kiến bằng văn bản. Với quy định này, trong thời gian qua rất nhiều doanh nghiệp không tổ chức được đại hội cổ đông, có doanh nghiệp phải tổ chức tới lần thứ 2, thậm chí thứ 3 mới thành công do tỷ lệ biểu quyết không đạt theo quy định. Nhiều cổ đông nắm giữ ít cổ phần không quan tâm tham dự và cũng không thực hiện quyền của mình đến nơi đến chốn.
Trong vấn đề các thành viên HĐQT độc lập thì theo Quyết định 12 về Quy chế điều hành doanh nghiệp áp dụng cho doanh nghiệp niêm yết và Quyết định 15 vềĐiều lệ mẫu áp dụng cho doanh nghiệp niêm yết, tính độc lập của thành viên HĐQT được thể hiện bằng quy định tối thiểu 1/3 tổng số thành viên HĐQT là độc lập không điều hành; hạn chế thành viên HĐQT kiêm nhiệm chức vụ trong bộ máy điều hành. Điều này nhằm mục đích ngăn ngừa các xung đột lợi ích trong doanh nghiệp. Nhưng so sánh với các tiêu chí về quản trị của doanh nghiệp Việt Nam với Malaysia, Singapore, Trung Quốc, tiêu chí về thành viên HĐQT độc lập tại Việt Nam còn thiếu cụ thể, nhiệm kỳ dài (theo nhiệm kỳ 5 năm, trong khi các nước khác là thường niên), vai trò trách nhiệm của thành viên HĐQT cũng không đư ợc xác định rõ ràng,...vì vậy mà thành viên HĐQT độc lập ở Việt Nam vẫn chưa phát huy hết vai trò của mình.
Thêm vào đó việc minh bạch và công bố thông tin ở Việt Nam còn hạn chế và còn nhiều cản trở do nhiều yếu tố, cả trong môi trường pháp luật. Ví dụ, chính sách thuếchưa rõ ràng và phụ thuộc quá nhiều vào các quyết định chủ quan của cán bộ thuế cũng có thể làm cho doanh nghiệp khó có thể minh bạch hóa tất cả các giao dịch của mình.
Ngoài những bất cập do những quy định và môi trường pháp lý đem lại thì chính bản thân nhiều doanh nghiệp cũng không thể tuân theo các quy định về điều hành doanh nghiệp nên các vấn đề khó khăn mà doanh nghiệp thường hay mắc phải về quản trị hiện nay chính là việc HĐQT chưa thực hiện tốt vai trò và chức năng của mình; không minh bạch thông tin; giao dịch với các bên liên quan và xung đột về lợi ích tiềm ẩn; Ban kiểm soát(BKS) chưa thực hiện tốt vai tṛò chức năng của mình.
Vì chưa có những quy định cụ thể nên việc áp dụng điều lệ mẫu và quy chế quản trị của các doanh nghiệp chỉ là hình thức, bởi đa phần là chép lại nguyên xi mà không có bất kỳ sự cụ thể hóa hoặc không căn cứ theo đặc điểm đặc thù của từng doanh nghiệp. Rất nhiều doanh nghiệp có điều lệ giống nhau.
2.3.2.2 Những yếu kém trong điều hành doanh nghiệp ở các doanh nghiệp tại Việt Nam