Công ty xuất nhập khẩu với Lào là một doanh nghiệp nhà nước trực thuộc Bộ Thương Mại. Cơ cấu của công ty là một thể thống nhất từ trên xuống. Được thể hiện ở sơ đồ sau:
Phòng tổ chức hành chính Phòng kế toán tài vụ Phòng kế hoạch tổng hợp Phó giám đốc Phòng dịch vụ đầu tư Giám đốc Các phòng XKN
từ 1-4 Đại diện Đông Hà -Quảng Trị Chi nhánh tại TP.HCM Phó giám đốc Đại diện tại Viênchăn-Lào
Ban lãnh đạo công ty: Là bộ phận đứng đầu công ty.
Giám đốc công ty là đồng chí Nguyễn Khánh Kiền, được Bộ trưởng Bộ Thương Mại bổ nhiệm. Giám đốc là đại diện hợp pháp cho mọi quyền lợi và nghĩa vụ của công ty trước pháp luật, các cơ quan quản lý nhà nước. Giám đốc sẽ trực tiếp điều hành công ty theo chế độ một thủ trưởng, có quyền quyết định mọi hoạt động kinh doanh của công ty sao cho có hiệu quả đồng thời là người chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ thương Mại và tập thể cán bộ công nhân viên trong công ty.
Tham mưu cho giám đốc là hai phó giám đốc.
Phó giám đốc: Tăng Văn Cường - phụ trách công tác xuất nhập khẩu, hành chính ở các kho Cổ Loa, kho Pháp Vân, kho 139 Lò Đúc, kho và cơ quan đại diện tại Đông Hà, liên doanh đầu tư và công tác đời sống cho cán bộ công nhân viên.
Phó giám đốc: Nguyễn Trường Sơn - Phụ trách chi nhánh tại Thành Phố HCM và văn phòng đại diện tại Viên Chăn Lào.
Các phó giám đốc có quyền triển khai các quyết định của giám đốc, giúp giám đốc điều hành công ty, tạo sự nhịp nhàng, thống nhất và chịu trách nhiệm trước giám đốc về nghiệp vụ chuyên môn và lập báo cáo định kỳ lên giám đốc. Dưới ban lãnh đạo là các phòng ban chức năng, các chi nhánh và văn phòng đại diện. Cụ thể:
Phòng tổ chức hành chính: Tham mưu cho giám đốc quản lý nhân sự trong công ty. Gồm: Sắp xếp, tuyển chọn, thuyên chuyển, lập kế hoạch đào tạo cán bộ, đánh giá chất lượng cán bộ, xét duyệt định mức tiền lương lao động trong công ty. Ngoài ra còn quản lý công văn, giấy tờ trong các quan hệ đối nội và đối ngoại của công ty.
Phòng kế toán tài vụ: có chức năng huy động vốn và các nguồn lực khác phục vụ cho công tác kinh doanh của công ty, tiến hành nhận vốn và tài sản của nhà nước giao cho công ty, tổ chức hạch toán kinh doanh, kiểm tra, kiểm soát việc chấp hành các chế độ quản lý tài chính của các đơn vị thành viên trong công ty, lập các báo cáo tài chính định kỳ, tổng hợp và công khai tình hình tài chính của công ty, cung cấp số liệu, tài liệu liên quan đến tình hình tài chính của công ty cho giám đốc cũng như các cơ quan quản lý nhà nước có chức năng.
Phòng kế hoạch tổng hợp: Thực hiện chức năng tổng hợp, báo cáo tình hình hoạt động của công ty. Qua đó, ban giám đốc sẽ đề ra phương án sản xuất kinh doanh phù hợp.
Phòng kinh doanh: Gồm 6 phòng, trong đó có 4 phòng thực hiện chức năng xuất nhập khẩu, 1 phòng đầu tư có nhiệm vụ thường xuyên theo dõi tình hình triển khai của các dự án đầu tư, đồng thời lập kế hoạch đầu tư trình ban giám đốc, 1 phòng dịch vụ nhận các dịch vụ thuộc phạm vi kinh doanh của công ty theo yêu cầu của khách hàng trong và ngoài nước .
Chi nhánh và văn phòng đại diện: Trưởng chi nhánh và văn phòng đại diện có quyền ra quyết định và quản lý mọi hoạt động kinh doanh của chi nhánh và văn phòng đại diện, có quan hệ với các cơ quan chủ quản cấp trên, với các đơn vị kinh tế trong và ngoài nước. Trưởng chi nhánh và văn phòng đại diện có nhiệm vụ báo cáo hoạt động kinh doanh của mình lên phó giám đốc điều hành chi nhánh, văn phòng đại diện đồng thời chịu trách nhiệm trước pháp luật, trước ban giám đốc và tập thể cán bộ công nhân viên về quá trình điều hành sản xuất và kinh doanh của mình.