GENOME CỦA RGSV
Các trình tự của RGSV thu đƣợc trên máy xác định trình tự tự động ABI PRISM® 3100 Avant Genetic Analyzer đƣợc phân tích, xử lý bằng chƣơng trình DNAstar, BioEdit và MEGA 4.
Căn cứ vào kích thƣớc thấy rằng các phân đoạn 1, 4 của RGSV từ mẫu BT thu đƣợc sau khi xác định trình tự phù hợp với kích thƣớc lý thuyết khi thiết kế mồi. Khi so sánh các trình tự này bằng cách Blast trên NCBI thấy rằng, hệ số tƣơng đồng
~1 Kb ~2,7 Kb
giữa các trình tự đem so sánh với trình tự các phân đoạn 1 và 4 RGSV trong GenBank là rất cao (96- 99%). Kết quả này chứng tỏ hai trình tự trên đúng là các trình tự của phân đoạn 1 và 4 của RGSV. Các trình tự thu đƣợc đƣợc đăng ký vào GenBank với mã số nhƣ trong bảng 3.2. Hai trình tự thu đƣợc có kích thƣớc tƣơng đối ngắn và có độ bảo thủ cao nên khi thực hiện phản ứng PCR ở nhiệt độ thích hợp sẽ có độ nhạy rất cao. Do đó có thể sử dụng 2 cặp mồi này để kiểm tra sự có mặt của RGSV trong mẫu lúa với hiệu quả cao.
Bảng 3.2. Mã số đăng ký trên GenBank của các trình tự đã thu đƣợc STT Tên gen (phân đoạn) Tỉnh phân lập Mã số trên GenBank
1 RNA1-RGSV Bình Thuận FM995215
2 RNA4-RGSV Bình Thuận FN179368
3 CP-RGSV Bình Thuận FM882251
4 CP-RGSV Ninh Thuận FM882252
Căn cứ vào kích thƣớc thấy rằng gen CP-RGSV từ các mẫu NT và BT thu đƣợc sau khi xác định trình tự phù hợp với kích thƣớc lý thuyết khi thiết kế mồi. So sánh các trình tự này bằng cách so sánh trên chƣơng trình Blast (NCBI), hệ số tƣơng đồng giữa các trình tự đem so sánh với trình tự gen CP của RGSV trong GenBank là rất cao (96,5- 99%). Kết quả này chứng tỏ đây đúng là các trình tự của gen CP-RGSV. Các trình tự thu đƣợc đƣợc đăng ký vào GenBank với mã số nhƣ trong bảng 3.2.