Cỏc cụng cụ phõn tớch

g/ CSDL bản đồ (MAPS)

3.4.2. Cỏc cụng cụ phõn tớch

3.4.2.1. Nhận dạng và xỏc định cỏc đặc điểm của protein

a/ Nhận dạng và xỏc định cỏc protein thụng qua cỏc dữ liệu peptide thu được từ khối phổ.

 Aldente - Nhận dạng cỏc protein với cỏc dữ liệu khối phổ peptide. Đõy là một tiến bộ mới trong vịờc nhận dạng protein.

 FindMod - Dự đoỏn những khả năng cải biến sau dịch mó và khả năng thay thế cỏc amino acid trong chuỗi peptide. Cỏc thực nghiệm đo khối lượng peptide với cỏc peptide tớnh toỏn lý thuyết từ CSDL Swiss-Prot hoặc từ cỏc trỡnh tự do người sử dụng đăng ký. So sỏnh sự khỏc biệt về khối lượng của cỏc peptide cũng là một trong những biện phỏp hiệu quả trong việc nhận dạng protein.

 FindPept - Nhận dạng cỏc peptide do kết quả từ cỏc thớ nghiệm khối phổ từ đú giải thớch cho những cải biến húa học, cải biến sau dịch mó và hoạt động tự thủy phõn.

 GlycoMod - Dự đoỏn cỏc cấu trỳc oligosacharide xảy ra trờn phõn tử protein từ cỏc thớ nghiệm khỏc định khối lượng.

 PepMAPPER – Cụng cụ nhận dạng khối lượng peptide từ UMIST, UK

 ProFound – Tỡm kiếm cỏc trỡnh tự protein đó biết với thụng tin về khối lượng peptide từ trường đại học Rockefeller and NY.

b/ Nhận dạng và xỏc định cỏc đặc điểm của protein nhờ dữ liệu MS/MS.

 Popitam - Cụng cụ nhận dạng và xỏc định protein cho cỏc peptide với những cải biến khụng đoỏn trước được, chẳng hạn đột biết hoặc những cải biến sau dịch mó nhờ vào khối phổ xen kẽ (tandem mass spectrometry)

 Phenyx - Nhận dạng, xỏc định đặc điểm của protein và peptide từ dữ liệu MS/MS từ GeneBio, Switzerland

 OMSSA - Nhận dạng cỏc phổ peptide MS/MS bằng cỏch so sỏnh cỏc thư viện của cỏc protein đó biết.

 PepFrag – Tỡm kiếm cỏc trỡnh tự protein đó biết với thụng tin về khối phổ mảnh peptide từ Rockefeller và NY Universities hoặc từ Genomic Solutions

 ProteinProspector - UCSF tools for fragment-ion masses data (MS-Tag, MS-Seq, MS-Product, etc.)

 SearchXLinks – Phõn tớch khối phổ của cỏc protein đó bị cải biến, liờn kết ngang, phõn giải mà cú cỏc trỡh tự axit amin đó biết từ Caesar, Đức.

c/

c/ Nhận dạng protein dựa vào thành phần axit amin, pI, khối dạng protein dựa vào thành phần axit amin, pI, khối lượng phõn tử…

lượng phõn tử…

 AACompIdent - Xỏc định một protein nhờ vào thành phần AACompIdent - Xỏc định một protein nhờ vào thành phần axit amin của nú.

axit amin của nú.

 AACompSim - So sỏnh thành phần axit amin của một đăng AACompSim - So sỏnh thành phần axit amin của một đăng nhập trong UniProtKB/Swiss-Prot với cỏc đăng nhập khỏc nhập trong UniProtKB/Swiss-Prot với cỏc đăng nhập khỏc

(other entries) (other entries)

 TagIdent - Nhận dạng cỏc protein nhờ vào pI, Mw và cỏc TagIdent - Nhận dạng cỏc protein nhờ vào pI, Mw và cỏc trỡnh tự đeo thẻ (sequence tag) hoặc đưa ra một danh sỏch trỡnh tự đeo thẻ (sequence tag) hoặc đưa ra một danh sỏch

cỏc protein cú pI và Mw gần với protein truy vấn nhất. cỏc protein cú pI và Mw gần với protein truy vấn nhất.

 MultiIdent - Nhận dạng cỏc protein dựa vào thành phần MultiIdent - Nhận dạng cỏc protein dựa vào thành phần axit amin, pI, Mw, trỡnh tự đeo thẻ và dữ liệu khối phổ axit amin, pI, Mw, trỡnh tự đeo thẻ và dữ liệu khối phổ

peptide. peptide.

d/ Cỏc cụng cụ dự đoỏn khỏc (other prediction tools)

 GlycanMass - Tớnh toỏn khối lượng của một cấu trỳc GlycanMass - Tớnh toỏn khối lượng của một cấu trỳc oligosacharide.

oligosacharide.

 PeptideCutter - Dự đoỏn cỏc vị trớ phõn cắt và thủy phõn PeptideCutter - Dự đoỏn cỏc vị trớ phõn cắt và thủy phõn bởi cỏc húa chất đối với một trỡnh tự nhất định. bởi cỏc húa chất đối với một trỡnh tự nhất định. PeptideMass - Tớnh toỏn khối lượng peptide và cỏc cải PeptideMass - Tớnh toỏn khối lượng peptide và cỏc cải biến sau dịch mó đối với một đăng nhập của biến sau dịch mó đối với một đăng nhập của UniProtKB/Swiss-Prot hoặc UniProtKB/TrEMBL hoặc một UniProtKB/Swiss-Prot hoặc UniProtKB/TrEMBL hoặc một

trỡnh tự bất kỳ do người sử dụng đưa vào. trỡnh tự bất kỳ do người sử dụng đưa vào.

 IsotopIdent - Dự đoỏn sự phõn bố đồng vị về mặt lý IsotopIdent - Dự đoỏn sự phõn bố đồng vị về mặt lý thuyết của một chuối peptide, protein, polynucleotide thuyết của một chuối peptide, protein, polynucleotide

hoặc cỏc chất húa học. hoặc cỏc chất húa học.

3.4.2.2. Cỏc cụng cụ chuyển DNA -> Protein

 Translate - Dịch mó một trỡnh tự nucleotide thành một trỡnh tự protein.

 Transeq - Dịch mó từ trỡnh tự nucleotide thành protein từ phần mềm EMBOSS.

 Graphical Codon Usage Analyser – Hiển thị “codon bias” dưới dạng đồ họa.

 “Codon bias” là một thuật ngữ chỉ hiện tượng tần suất một bộ ba được sử dụng để mó húa cho một axit amin nào đú ở một sinh vật nhất định cao hơn so với cỏc bộ ba khỏc cựng mó húa.Mỗi loài sinh vật cú dạng “codon bias” khỏc nhau.

 BCM search launcher - Dịch mó ra 6 khung từ một trỡnh tự nucleotide.

 Backtranslation - Dịch mó một trỡnh tự protein ngược trở lại thành trỡnh tự nucleoide.

 Reverse Translate - Dịch mó một trỡnh tự protein thành trỡnh tự nucleotide.

 Genewise – So sỏnh trỡnh tự của một protein với trỡnh tự DNA genomic để nghiờn cứu intron, cỏc đột biến lệch khung.

 FSED – Phỏt hiện đột biến lệch khung đọc.

3.4.2.3. Tỡm kiếm cỏc trỡnh tự giống nhau

BLAST và WU-BLAST - kết hợp với rất nhiều cỏc phiờn bản BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

 BLAST Mạng lưới dịch vụ của ExPASy

 BLAST ở EMBnet-CH/SIB (Switzerland)

 BLAST ở NCBI

 WU-BLAST của EMBL (Heidelberg)

 WU-BLAST và BLAST ở EBI (Hinxton)

 BLAST ở PBIL (Lyon)

 Fasta3 – Phiờn bản FASTA 3 ở EBI

 MPsrch – So sỏnh trỡnh tự của Smith/Waterman ở EBI

 PropSearch – Tỡm kiếm cấu trỳc tương đồng

 Scanps – Tỡm kiếm trỡnh tự giống nhau bằng thuật toỏn của Barton