Sử dụng rất nhiều phương phỏp tin sinh học để xỏc định chức năng sinh học, cấu trỳc của cỏc gen và protein mà chỳng mó húa.
Cỏc cụng cụ như Transeq cú thể giỳp xỏc định cỏc vựng mó húa protein của một trỡnh tự DNA. ClustalW
được sử dụng để so sỏnh trỡnh tự DNA hoặc protein để làm sỏng tỏ mối quan hệ cũng như nguồn gốc tiến húa của chỳng.
Cỏc cụng cụ phõn tớch do EBI cung cấp:
Cụng cụ Ứng dụng, mụ tả
Align Cụng cụ so sỏnh cặp trỡnh tự theo 2 kiểu toàn bộ và cục bộ.
ClustalW Cụ cụ so sỏnh nhiều trỡnh tự.
CpG Plot/CpGreport Cụng cụ tỡm và vẽ CpG Island
Dna Block Aligner Form So sỏnh hai trỡnh tự DNA dưới dạng khối mạch thẳng (colinear block), rất thớch hợp cho cỏc promoter.
GeneMark Dịch vụ dự đoỏn gen
Genetic Code Viewer Cụng cụ tổng kết cỏc sự khỏc nhau về mó di truyền
GeneWise So sỏnh một trỡnh tự protein hoặc một hồ sơ protein HMM với trỡnh tự DNA.
Muscle Cụng cụ so sỏnh nhiều trỡnh tự với độ chớnh xỏc và tốc độ cao hơn so với Clustal W hoặc T-Coffee phụ thuộc vào tựy chọn khỏc nhau.
Mutation Checker Đỏnh giỏ độ trớnh xỏc của trỡnh tự, phỏt hiện đột biến.
Pepstats/Pepwindow/Pepinfo Chương trỡnh phõn tớch trỡnh tự protein
PromoterWise So sỏnh hai trỡnh tự DNA cho phộp đảo ngược và đổi vị trớ, rất lý tưởng cho cỏc promoter.
Reverse Translator Kiểm tra trỡnh tự đảo ngược, bổ sung
SAPS Phõn tớch thống kờ trỡnh tự protein
T-Coffee Chương trỡnh so sỏnh trỡnh tự cho phộp người sử dụng kết hợp cỏc kết quả thu được với một số phương phỏp so sỏnh khỏc nhau.