Protein trong cơ theơ sông chụ yêu đạm nhaơn chức naíng câu trúc và xúc tác. Tuy nhieđn, chúng văn được dùng làm nguoăn naíng lượng. Trong trường hợp này trước tieđn chúng phại được thụy phađn thành aminoacid tự do. Quá trình thụy phađn protein được thực hieơn nhờ hai nhóm enzyme peptidase. Endopeptidase có nhieơm vú caĩt mách polypeptide thành nhieău đốn oligopeptide phađn tử nhỏ; trong khi đó exopeptidase tác đoơng leđn phađn tử protein từ moơt trong hai đaău taơn cùng cụa chuoêi polypeptide.
Thuoơc nhóm endopeptidase có pepsin, trypsin, chymotrypsin ở đoơng vaơt và papain, bromelin cùng nhieău enzyme khác ở thực vaơt.
Pepsin được tiêt ra từ màng nhaăy dá dày cụa đoơng vaơt baơc cao, có pH tôi thích 1,0 – 1,5. Tieăn thađn cụa nó là dáng khođng hốt đoơng pepsinogen. Nó được hốt hóa thành pepsin nhờ HCl. Enzyme này phađn giại những lieđn kêt peptide vôn hình thành từ các aminoacid vòng thơm và dicarboxylic.
Trypsin và chymotrypsin do tuyên túy tiêt ra, thực hieơn tác dúng xúc tác trong ruoơt non với pH 7-8. Tái đó chúng tiêp túc phađn giại các chuoêi peptide cụa thức aín từ dá dày đưa xuông sau khi đã được pepsin phađn giại sơ boơ. Những enzyme này hình thành từ các dáng tieăn thađn khođng hốt đoơng tương ứng – trypsinogen và chymotrypsinogen. Trypsinogen được hốt hóa thành trypsin nhờ enterokinase do thành ruoơt tiêt ra cũng như nhờ chính trypsin. Trypsin cũng có tác dúng hốt hoá chymotrypsinogen thành chymotrypsin. Trong tác dúng xúc tác cụa mình trypsin phađn giại các lieđn kêt peptide có sự tham gia cụa nhóm carboxyl cụa arginine hay lysine. Trong khi đó chymotrypsin phađn giại những lieđn kêt peptide vođùn hình thành với sự tham gia cụa nhóm carboxyl cụa tryptophan, phenylalanine hoaịc tyrosine.
Papain cụa đu đụ hốt đoơng trong phám vi khá roơng – từ acid yêu đên base yêu, tùy thuoơc vào bạn chât cụa cơ chât. Nó cođng phá những lieđn kêt peptide có leucine glycine và các diaminoacid tham gia. Cũng như các lối peptidase thực vaơt khác, nó được hốt hóa nhờ HCN và các hợp chât chứa nhóm –SH.
Song song với endopeptidase, các chuoêi polypeptide còn bị phađn giại bởi các lối exopeptidase. Carboxypeptidase phađn giại chuoêi polypeptide ở đaău C-taơn cùng, aminopeptidase – từ đaău N-taơn cùng, laăn lượt tách ra các phađn tử aminoacid tự do.
Carboxypeptidase A chứa kẽm (Zn2+) và thụy phađn tât cạ các lieđn kêt C-taơn cùng, trừ những lieđn kêt mà aminoacid C-taơn cùng là lysine, arginine hoaịc proline.
Carboxypeptidase B chư tách từ đaău C-taơn cùng các aminoacid lysine và arginine. Leucineaminopeptidase thụy phađn các lieđn kêt peptide N-taơn cùng với sự tham gia cụa phaăn lớn aminoacid.
Các exopeptidase nói tređn đeău có maịt trong ruoơt non. Cùng với endopeptidase chúng thụy phađn protein thức aín thành aminoacid tự do đeơ được hâp thú qua thành ruoơt vào máu.
Cơ chê cụa quá trình thụy phađn protein noơi bào chưa được hieơu biêt nhieău, maịc dù trong moơt sô mođ và cơ quan, ví dú trong gan, nó xạy ra với tôc đoơ rât nhanh.