Dưới tỏc động của nhiều nguyờn nhõn, vào nửa cuối thế kỷ XVIII, Phố Hiến dần suy tàn. Yếu tố “thị” của thương cảng này dần biến mất dẫn đến sự thay đổi hoàn toàn của diện mạo đụ thị. Thợ thủ cụng bỏ Phố Hiến đến Thăng Long hoặc cỏc vựng đất sầm uất khỏc để sinh cơ, lập nghiệp. Thương điếm người nước ngoài sau khi đúng cửa dần đổ nỏt và thành phế tớch trong lũng đụ thị [26].
Thiờn tai là nguyờn nhõn đỏng kể dẫn đến sự suy tàn của Phố Hiến. Từ đầu thế kỷ XVIII, Phố Hiến núi riờng và toàn vựng Sơn Nam núi chung luụn trong tỡnh trạng bị lũ lụt nghiờm trọng. Tuyến đờ sụng Hồng dọc trấn Sơn Nam vỡ liờn tục vào năm 1713, 1729, 1730. Hầu hết cỏc huyện trờn địa bàn đều bị ngập lụt, mựa màng bị phỏ hoại hoàn toàn. Nghiờm trọng nhất là trận vỡ đờ năm 1794 thời Tõy Sơn khiến cho: “Hơn 20 huyện trụng như biển, mờnh mụng súng bạc khụng bờ, ruộng đồng lầy lội khụng thu hoạch được gỡ, dõn bỏ cầy cuốc để đi bắt cỏ” [36].
Bờn cạnh lũ lụt, chiến tranh liờn miờn cũng tàn phỏ nghiờm trọng diện mạo của đụ thị. Nửa đầu thế kỷ XVIII, khởi nghĩa nụng dõn xảy ra liờn tiếp ở Đàng Ngoài, loạn lạc, ly tỏn khắp nơi. Vựng đất Phố Hiến ỏn ngữ tại điểm giao thụng huyết mạch đường thủy từ biển lờn kinh đụ nờn đúng vai trũ là đồn tiền tiờu của Thăng Long. Do vậy khi Đàng Ngoài bất ổn, chỳa Trịnh đó lấy đất Phố Hiến lập đồn binh lớn, đồng thời nơi đõy cũn là căn cứ thủy quõn quan trọng để quõn đội chỳa Trịnh
thao luyện trước khi đi đỏnh cỏc cuộc khởi nghĩa nụng dõn. Nhiều cuộc chiến khốc liệt đó diễn ra ở đõy khiến cho Phố Hiến bị tàn phỏ nặng nề, hoạt động sản xuất, buụn bỏn ngày càng trỡ trệ [26].
Với sự vắng búng dần của cỏc thương lỏi nước ngoài, sự tàn lụi và biến mất của cỏc phường nghề thủ cụng buụn bỏn, sự bồi lấp dần của bến cảng, Phố Hiến mất dần vai trũ là địa danh chỉ đứng thứ nhỡ sau Kinh kỳ, một thương cảng cú tờn tuổi trong khu vực và thế giới. Trong suốt một thời kỳ lịch sử dài từ nửa cuối thế kỷ XVIII đến những năm gần đõy, do ảnh hưởng của thiờn tai, chiến tranh và chớnh sỏch hạn chế giao thương, nền kinh tế khu vực Phố Hiến - Hưng Yờn nhỡn chung trỡ trệ. Dấu tớch của thương cảng Phố Hiến một thời vang búng cũng mờ dần theo thời gian [26].
Trong giai đoạn hiện nay, cựng với sự phỏt triển chung của Đất nước, thị xó Hưng Yờn đó đạt được nhiều thành tựu và được cụng nhận là thành phố loại III trong năm 2009. Tuy nhiờn, thành phố Hưng Yờn chưa cú được vai trũ quan trọng trong hệ thống đụ thị Việt Nam.