Cỏc điểm hấp dẫn về tự nhiờn, văn hoỏ, lịch sử được kết hợp với nhau về lónh thổ tạo thành cỏc tuyến tham quan. Hiện trong VQG đó hỡnh thành 5 tuyến tham quan chớnh:
* Tuyến thứ nhất: khu đún khỏch - động Người Xưa, cõy Đăng đại thụ. Đõy là tuyến gần nhất, xuất phỏt từ khu đún khỏch theo đường ụ tụ vào trung tõm, cỏch cổng Vườn khoảng 7km, bờn phải là lối vào động Người Xưa. Cỏch đường khoảng 500m theo lối mũn đi bộ tới chõn nỳi một thang sắt dẫn lờn cửa động, tạo điều kiện dễ dàng cho khỏch cú thể vào tham quan động.
Trở lại đường ụ tụ đi thờm khoảng 2 km, phớa bờn trỏi cú lối mũn đến cõy Đăng đại thụ thẳng đứng với chiều cao trờn 45m, đường kớnh 5m. Đường đến cõy Đăng được dẫn qua một thung gọi là thung bể cạn, cú cỏc loài cõy khỏc nhau như: cõy "Quan õm ngự toà sen", cõy "Một hoa 7 lỏ", cõy "Đơn gối hạc" cao tới 5-7m (ở nơi khỏc chỉ cao ngang thắt lưng)… Trong thung này khỏch cũng cú thể nghe tiếng hút của cỏc loài chim. (thời gian là 1 ngày/tuyến)
Một số hạn chế trong khai thỏc tuyến này là đoạn đường vào động Người Xưa thường bị ngập vào ngày mưa lớn. Đoạn đường rẽ vào lối mũn đến cõy Đăng, nơi đỗ xe khụng thuận lợi nờn hạn chế khả năng khai thỏc.
Từ trung tõm Bống đi bộ 3 km theo đường bờ tụng đến cõy chũ ngàn năm. Trờn đường đi du khỏch sẽ được xem những dõy leo thõn gỗ cực lớn, vắt vẻo trờn những tầng rừng như những bước "vừng trời" đu đưa. Cõy chũ chỉ cao 5m thẳng tắp, thõn cõy to trũn, đường kớnh ngang ngực tới 1,2m xem cõy đa búp cổ đó giết chết và chiếm chỗ của cõy chủ. Chiờm ngưỡng cõy chũ ngàn năm cao 45m, chu vi gốc tới 25m. Du khỏch sẽ khụng khỏi sững sờ, thỏn phục trước vẻ cổ thụ của nú. Đi thờm khoảng 500m là đến động Thủy Tiờn với những cảnh sắc kỳ ảo của cung vua và cỏc tiờn nữ ở dưới nước. (thời gian là 1 ngày/tuyến)
* Tuyến thứ 3: cõy sấu đại thụ - sụng Buởi - thỏc Sụng Ngang - bản Khanh.
Tuyến này cú cỏc du khỏch nước ngoài ưa mạo hiểm thường chọn đi. Tuyến này cú thể chia thành tuyến ngắn và tuyến dài như sau:
+ Tuyến ngắn từ trung tõm Bống đi bộ theo lối mũn khoảng 3 km qua khu ruộng bậc thang cũ của người Mường (đó chuyển đi) qua cỏc con suối cạn và cỏc khu rừng rậm rạp để đến cõy sấu đại thụ. Trờn đường đi đến cõy sấu, du khỏch sẽ gặp cỏc loài cõy thấp bộ, rất kỳ lạ. Cú cõy với lỏ hỡnh trỏi tim nhọn, to bằng bàn tay người lớn, ở giữa cú màu trắng, phớa ngoài mầu xanh rất lạ. Đến cõy sấu khụng ai khụng khỏi sững sờ, thỏn phục bởi bạch vố của nú cao to như một bức tường thành. Tuyến này giành cho khỏch khụng đủ thời gian và sức khoẻ đi cả tuyến dài.
+ Tuyến dài: Được tiếp tục từ cõy sấu đại thụ đi bộ xuyờn đường rừng khoảng trờn 10km, du khỏch sẽ đến bản Khanh - bản đồng bào của người Mường ở. Du khỏch cú thể ngủ lại 1 đờm ở bản Mường để thưởng thức rượu cần, cơm lam và mún cỏc ăn độc đỏo khỏc. Xuụi dũng sụng Bưởi bằng bố mảng, lũng sụng rộng và hai bờn bờ cú nhiều con nước rất to để đến thỏc Giao Thuỷ. Đõy là niềm hứng thỳ của rất nhiều du khỏch khi đến nơi đõy.
* Tuyến thứ 4: Khu trung tõm Bống - đỉnh Mõy Bạc.
Xuất phỏt từ trung tõm Bống theo đường mũn đi bộ 3km, qua nhiều đồi dốc, vượt qua cỏc vỏch đỏ tai mốo để lờn đỉnh Mõy Bạc - đỉnh cao nhất ở VQG (648,2m). Tuyến này chỉ thớch hợp với những người cú sức khoẻ và ưa mạo hiểm, nhưng bự lại được xem nhiều loài cõy, nhiều loài hoa trờn đỉnh nỳi Hồi nỳi, Lỏt hoa, Sơn, Phong lan, Phượng vỹ, Thạch lộc… Trờn đường đi cú thể gặp nhiều loài chim, thỳ, kể cả cỏc loài thỳ lớn: lợn lũi, sơn dương, nai, hoẵng và chim đẹp như gà lụi, phượng hoàng.
* Tuyến thứ 5: khu đún khỏch - hồ Yờn Quang - hang Phũ Mó.
Tuyến này theo đường ụ tụ ngược khoảng 7km về phớa Nho Quan, qua dốc Sườn bũ, rẽ trỏi để đi sõu vào hồ Yờn Quang. Qua đường đờ ngăn giữa hồ 2 và hồ 3 vượt dốc Quốn lỏ qua thung lũng rộng sẽ tới chõn nỳi sẽ cú hang Phũ Mó. Tuyến này cú thể kết hợp du thuyền trờn hồ cõu cỏ, tham quan ngắm cảnh, xem phim, thăm ngụi đền miếu cổ ở giữa hồ và tham quan hang động. Ngoài ra cũn cú những điểm tham quan khỏc như: Đỉnh Kim Giao động Con Moong… ở khu cổng Vườn du khỏch cú thể tham quan nhà bảo tàng của VQG Cỳc phương, trong trại cứu hộ Linh trưởng, trại hươu, khu bảo tồn Cầy vằn, rựa, Vườn thực vật. Tuy nhiờn việc tham quan cỏc cơ sở này rất hạn chế về số người và thời gian tham quan do yờu cầu nghiờn cứu khoa học và bảo tồn, đồng thời do đa số cỏc cơ sở này ở vị trớ ngược đường mua vộ nờn số lượng khỏch đến đõy chiếm tỷ lệ thấp so với tổng số lượng khỏch đến với VQG Cỳc phương.
Hoạt động du lịch ở Cỳc phương tập trung vào một số tuyến điểm tham quan, hỡnh thức du lịch cũn đơn điệu. Khỏch đến VQG Cỳc phương đa số đều chọn đến tuyến cõy Chũ ngàn năm - được coi là biểu tượng của VQG Cỳc phương. Cỏc điểm hấp dẫn khỏc trờn tuyến như: cõy chũ chỉ, cõy chũ chiến thắng, động Thuỷ Tiờn ớt được quan tõm, đặc biệt đối với khỏch trong nước do thể lực, thời gian đi trong ngày khụng cho phộp khỏch dừng ở nhiều điểm khỏc nhau.
Tuyến động Người xưa - Cõy Đăng cổ thụ: Điểm dừng chõn là động Người xưa, với lượng khỏch tham quan chỉ sau cõy chũ ngàn năm (khoảng trờn 60% số khỏch). Lý do chớnh là đường đi vào động khụng xa, nơi đỗ xe và đường lờn động khụng mấy khú khăn. Thụng thường, khỏch nội địa đi trong ngày thường chọn đi tham quan hai điểm du lịch chớnh là cõy chũ ngàn năm, động Người xưa như một mục đớch cho chuyến tham quan của mỡnh. Do động người xưa cỏch khụng xa trung tõm Bống và yếu tố lịch sử chứa đựng trong nú.
Cũn cõy Đăng đại thụ, hầu như khụng cũn là mục tiờu cho những chuyến tham quan của du khỏch nữa. Hiện tại điểm này chủ yếu thu hỳt khỏch nước ngoài do sở thớch muốn đến nơi vắng vẻ, mang nhiều nột nguyờn sơ.
Tuyến cõy Sấu cổ thụ - Sụng Bưởi - Thỏc giao thuỷ - Bản Mường. Cõy sấu cổ thụ là một đại diện trong những kỳ quan của thiờn nhiờn nguyờn sinh, song lượng khỏch đến tham quan chiếm tỷ lệ thấp (khoảng 10 đến 12% lượng khỏch đến tham quan VQG), trong khi đường đi khụng xa hơn cõy chũ chỉ ngàn năm, lại ớt ghập ghềnh và dễ đi hơn. Khỏch đến đõy chủ yếu là những khỏch lưu trỳ lại trong Vườn đối tượng chớnh là khỏch nước ngoài và sinh viờn do trờn tuyến ngắn này đơn điệu về điểm tham quan chỉ cú cõy Sấu cổ thụ và chưa được coi là biểu tượng của rừng Cỳc phương.
Tuyến dài cú lượng khỏch rất thấp chủ yếu là khỏch nước ngoài với hỡnh thức chớnh là đi bộ xuyờn rừng đến Bản Khanh. Hỡnh thức đi bố mảng trờn sụng Bưởi, thăm thỏc Giao thuỷ hoặc tới cỏc bản dọc thung lũng sụng Bưởi cũn ở dạng tiềm năng. Nguyờn nhõn chủ yếu là đường đi quỏ dài và khú khăn mất nhiều thời gian và sức lực, lại phụ thuộc vào mựa nước.
Cỏc điểm và tuyến tham quan khỏc hầu như chưa hoặc rất ớt được khai thỏc: tuyến leo nỳi lờn đỉnh Mõy Bạc chỉ cú một số ớt khỏch nước ngoài đi lẻ yờu cầu (với lượng khỏch rất nhỏ, khoảng 1%). Khu hồ Yờn Quang chủ yếu là khỏch nước ngoài với mục đớch xem chim vào mựa đụng.
Cỏc hoạt động chủ yếu được khỏch thực hiện trong chuyến tham quan là: Đi bộ trong rừng, tham quan cõy chũ ngàn năm, động Người xưa, thăm bảo tàng . . . Cỏc hoạt động khỏc như leo nỳi, đi xuyờn rừng, đi bố mảng trờn sụng hồ . . . hầu như cũn ở dạng tiềm năng, hạn chế việc cung cấp kinh nghiệm du lịch cho khỏch tham quan - một điều rất quan trọng trong động cơ thỳc đẩy khỏch đi du lịch và như vậy đồng nghĩa với việc giảm sức hấp dẫn của du lịch Cỳc phương.