Bên cạnh những ưu điểm đã đạt được thì tổ chức công tác kế toán tại Xí nghiệp còn tồn tại một số nhược điểm:
Về phương pháp tổ chức hạch toán: Hiện nay, có nhiều khoản theo chế độ quy định phải hạch toán vào TK 512 “Doanh thu nội bộ” nhưng tại Xí nghiệp lại ghi thẳng vào chi phí như hàng hóa mang sử dụng để khuyến mại, quảng cáo, chào hàng.
Trong quá trình tiêu thụ hàng hóa, Xí nghiệp chỉ theo dõi trên cơ sở hợp đồng ký kết mà không phản ánh ngay vào sổ kế toán. Điều này tạo ra sự không chặt chẽ trong quá trình kiểm tra và điều hành phân phối hàng hóa.
Về hệ thống tài khoản: Trong công tác hạch toán tiêu thụ và xác định kết quả tiêu thụ hàng hóa, hệ thống tài khoản kế toán của Xí nghiệp chưa được chi tiết hóa thành các TK cấp III, IV phục vụ cho công tác quản trị kinh doanh, cho công tác quản lý từng đối tượng khách hàng, thị trường tiêu thụ gây khó khăn cho ban lãnh đạo trong việc ra quyết định.
Về tổ chức sổ sách kế toán: Hiện nay Xí nghiệp đang thực hiện trình tự ghi sổ theo hình thức Nhật ký - chứng từ. Phù hợp với hình thức Nhật ký - chứng từ theo quy định của chế độ kế toán Việt Nam hiện hành trong tổ chức hạch toán kế toán tiêu thụ cần sử dụng mẫu sổ Nhật ký chứng từ số 8 nhưng tại Xí nghiệp lại được phản ánh qua Nhật ký chứng từ số 10. Nhật ký chứng từ số 10 sẽ giúp cho Xí nghiệp theo dõi được cụ thể các nghiệp vụ phát sinh trong kỳ nhưng lại không mang tính tổng hợp cần phải thể hiện.
Về kế toán quản trị: Các quyết định quản lý, kịp thời chính xác thường được dựa trên cơ sở thu thập thông tin đầy đủ. Mục đích cơ bản của kế toán quản trị là cung cấp thông tin một cách chi tiết về tình hình sản xuất kinh
doanh cho các nhà quản lý theo yêu cầu quản lý cụ thế. Trên cơ sở đó, nhà quản lý có thể đưa ra các kế hoạch tiêu thụ phù hợp, nhằm quản lý tốt chi phí nâng cao lợi nhuận tiêu thụ. Trong phạm vi kế toán tiêu thụ và xác định kết quả tiêu thụ giữa kế toán tài chính và kế toán quản trị có sự khác nhau. Công tác kế toán quản trị tại Xí nghiệp đã có nhưng chưa thành hệ thống và chưa thường xuyên. Khi có yêu cầu của Ban giám đốc, phòng kế toán mới tập hợp số liệu liên quan, phân tích tổng hợp do vậy mà thông tin cung cấp không kịp thời.