2.1. Nguồn chi tài chính
Chi tiêu liên quan đến quản lý tài nguyên nước từ ngân sách Nhà nước không được phân bổ thành một mục chi riêng, nhưng nằm trong ngân sách của một số bộ khác nhau là Bộ TN&MT và Bộ NN&PTNT. Do sự phân định chức năng chức năng quản lý và chức năng dịch vụ trong ngành nước chưa thực sự rõ ràng, các nghiên cứu về chi tiêu cho ngành nước dựa trên các chi phí cho quản lý tài nguyên và quản lý các dịch vụ của ngành nước. Bên cạnh các khoản chi thường xuyên như lương cán bộ, hoạt động nghiên cứu… còn có các khoản đầu tư lớn cho ngành nước dành cho các công trình thủy lợi, tưới tiêu, bảo vệ chất lượng tài nguyên nước.
Kinh phí quản lý tổng hợp lưu vực sông được quy định trong điều 16 trong dự thảo nghị định của Chính Phủ về quản lý tổng hợp lưu vực sông. Kinh phí lập và thực hiện quy hoạch lưu vực sông do Bộ TN&MT bố trí trong dự toán hàng năm. Kinh phí thực hiện quy hoạch lưu vực sông được bố trí trong dự toán ngân sách hàng năm của tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Bộ. Kinh phí hoạt động của Hội đồng lưu vực sông và Ban quản lý lưu vực sông (điều 17) ngoài kinh phí do Bộ TN&MT phân bổ hàng năm, còn được đóng góp của các tỉnh, thành phố, nguồn đóng góp tự nguyện của các đơn vị quản lý công trình khai thác, sử dụng, phát triển tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước. Ngoài ra còn nguồn tài trợ của các tổ chức quốc tế.
2.2. Định giá nước hợp lý
Theo nguyên tắc Dublin (1992) về định giá tài nguyên nước, phục hồi chi phí, giá cả dịch vụ nước là đối tượng điều chỉnh của văn bản dưới luật và có tính chất chuyên ngành. Giá cả dịch vụ nước hợp lý có ý nghĩa rất lớn đối với các tổ chức dịch vụ nước công ích bao gồm cả nước đô thị, nước nông thôn và thủy nông. Các dịch vụ nước công ích hiện còn được ngân sách nhà nước bao cấp ở những mức độ khác nhau và do chính quyền các thành phố, tỉnh quy định. Để thực hiện thành công Định hướng phát triển cấp nước đô thị đến 2020, dịch vụ nước đô thị sẽ từng bước xóa bỏ bao cấp, giá nước sẽ được tính đúng, tính đủ tiến tới trang trải chi phí đầu tư. Các tổ chức cấp nước đô thị sẽ tiến tới phải tự chủ về tài chính, thực hiện nghĩa vụ công ích và chính sách xã hội, trang trải chi phí thoát nước thải sinh hoạt. Theo nghị định 34/2005/NĐ-CP, nước được quan niệm là hàng hóa kinh tế - xã hội. Đối với thủy nông, Nhà nước chỉ cấp kinh phí cho 5 trường hợp trong đó có bơm chống úng (vùng ĐNN ngoài ý muốn), chống hạn vượt định mức, thất thu thủy lợi phí do thiên tai.
Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh ra quyết định số 190/2004/QĐ-UB về việc thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải trên địa bản thành phố Hồ Chí Minh. Trong
quyết định này quy định các đối tượng phải chịu thu phí là các hộ dân không phân biệt nguồn nước sử dụng, các cơ sở công nghiệp, các cơ sở dịch vụ. Các mức phí cũng được qui định cụ thể (250đ/m3 cho nước sinh hoạt và 400đ/m3 cho các loại khác)
Ủy ban Nhân dân Thành phố Hà Nôi ra quyết định số 48/2004/QĐ-UB về việc thu phí nước thải đối với nước thải sinh hoạt trên địa bàn Thành phố Hà Nội. Khác với quyết định của Thành phố Hồ Chí Minh, Hà nội không thu phí nước thải đối với các hộ gia đình chưa có hệ thống cấp nước sạch, tức là chế độ thu phí nước thải đối với nguồn nước tự khai thác chưa phải thực hiện quyết định này. Đối với các cơ sở công nghiệp phí này sẽ được tính trong phí bảo vệ môi trường cho các cơ sở sản xuất. Giá phí nước thải cụ thể không được nêu trong quyết định này.