Hội đồng quốc gia tài nguyên nước sau khi ra đời vào tháng 6/2000 đã có ba lần hội nghị. Hội đồng là hiện thân của yêu cầu và khả năng phối hợp liên ngành. Văn phòng hội đồng đã được tài trợ bởi dự án tăng cường năng lực của ADB.
Phối hợp quy hoạch thủy điện với quy hoạch tổng hợp lưu vực sông. Đây là hai việc không thể tách rời nhau, trong đó hồ chứa nước đa năng là một yếu tố quan trọng.
Theo đánh giá của ngành giao thông đường thủy, kể từ sau khi Luật Tài nguyên nước và sau đó là nghị định 179/1999/NĐ-CP được ban hành thì phạm vi, chức năng và quyền hạn quản lý của ngành Đường thủy nội địa trên sông đã được xác định rõ ràng hơn. Ngành giao thông đường thủy nội địa vừa là vừa là tổ chức tham gia bảo vệ nguồn tài nguyên nước phục vụ cho giao thông đường thủy, nhưng chính trong các hoạt động của mình lại có tác động đến nguồn tài nguyên nước như khi tiến hành nạo vét, thông luồng, lạch, xây dựng các kè chỉnh trị làm thay đổi dòng chảy…Với tính chất và đặc điểm sử dụng nước cho giao thông thủy, ngành giao thông đường thủy nội địa tham gia vào việc quản lý tài nguyên nước theo ba khia cạnh: (i) dưới hình thức bảo vệ luồng lạch; (ii) tham gia gián tiếp bảo vệ chất lượng nước; (iii) tự điều chỉnh trong các hoạt động đầu tư cải tạo luồng lạch, giao thông của chính minh.
Mạng lưới cộng tác vì tài nguyên nước: mạng lưới cộng tác vì nước quốc gia (Country Water Partnership - CWP) là một mạng lưới của các bên liên quan được các chuyên gia quốc tế sáng kiến đề ra nhằm đưa nội dung quản lý tổng hợp tài nguyên nước vào thực tiễn. Mạng lưới này trước hết tập hợp các tổ chức chuyên nghiệp, chính phủ và phi chính phủ, hoạt động chủ yếu về các vấn đề chính sách chiến lược liên ngành và chuyên ngành để không trùng lặp với các dự án chuyên ngành. Mạng lưới này là kênh thích hợp để khuyến khích các tổ chức về nước của Việt Nam mau chóng hội nhập hơn với khu vực và thế giới.