Mặc dự đó đạt được một số thành tựu trong cụng tỏc cải tổ quy trỡnh làm việc cho hiệu quả hơn, quy trỡnh lập dự ỏn trong cụng ty vẫn cũn một số bất cập cần phải khắc phục:
- Sự theo dừi giỏm sỏt thực hiện quy trỡnh dự ỏn của cỏc lónh đạo cũn lỏng lẻo, một số bước trong một số dự ỏn đó bị bỏ qua. Hiợ̀n nay do khụ́i lượng cụng viợ̀c rṍt lớn nờn các lãnh đạo cụng ty khụng có đủ thời gian kiờ̉m soát hờ́t các hoạt đụ̣ng của ban dự án nờn có mụ̣t sụ́ các dự án thì quy trình lọ̃p dự án đã bị các thành viờn làm tắt và bỏ qua mụ̣t sụ́ bước do căn cứ vào dự án gõ̀n giụ́ng. Viợ̀c này đụi khi được sự cho phép của trưởng ban dự án và mụ̣t sụ́ các lãnh đạo. - Cụng tỏc nghiờn cứu thị trường mặc dự được quan tõm hơn song vẫn chưa chi tiết đầy đủ và đặc biệt trong một số dự ỏn cụng tỏc này lạ bị xem nhẹ và cú nhiều yếu tố chủ quan. Mức kinh phí mà cụng ty duyợ̀t cho cụng tác ngiờn cứu thị trường đã tăng lờn đáng kờ̉ song như vọ̃y võ̃n chưa đủ cho cụng tác này nờ́u như muụ́n dự án sát thực với thực tờ́ hơn nữa. Vướng măc này xảy ra đụi lúc còn do các tành viờn chi tiờ̀n khụng đúng với mục đích cụng viợ̀c gõy thṍt thoát lãng phí. Do vọ̃y nờn các kờ́t quả có được từ viợ̀c nghiờn cứu thị trường còn có nhiờ̀u yờ́u tụ́ chủ quan làm õ̉nh hưởng đờ́n chṍt lượng dự án sau này
- Việc lập dựa ỏn của cỏc thành viờn trong ban dựa ỏn nhiều khi cũn khụng sỏt thực và xa rời thực tiễn. Khi lọ̃p dự án đụi khi các thành viờn bị thiờ́u thụng tin song các thành viờn khụng tìm hiờ̉u thờm mà gán vào các nụ̣i dung đó các suy nghĩ chủ quan của mình đụi khi là khụng có căn cứ.
- Cụng tỏc kiểm tra đỏnh giỏ dự ỏn sau khi hoàn thành vẫn bị xem nhẹ. Đại đa sụ́ các dựa án khi hoàn thành sau khi kiờ̉m tra đánh giá khụng phải sửa lại song khụng phải là khụng có sai sót nờn viợ̀c xem nhẹ cụng đoạn này có thờ̉ gõy ảnh hưởng lớn đờ́n nụ̣i dung dự án và uy tín cụng ty.
- Bước thứ nhất và thứ hai cú nghĩa là bước tiếp nhận rồi đỏnh giỏ dự ỏn gõy ra một số bất cập và rắc rối như việc sau khi tiếp nhận dự ỏn thỡ dự ỏn được đỏnh
giỏ lại chớnh xỏc hơn do đú xảy ra trường hợp nhiều dự ỏn khụng tiếp nhận được và phải trả lại cho đối tỏc.