Thứ nhất, vấn đề thừa nhận của pháp luật đối với tập đoàn: việc thành lập một tổ hợp kinh tế kiểu tập đoàn thuộc sở hữu tư nhân chưa được thừa nhận cho đến khi Luật doanh nghiệp thống nhất năm 2005 (có hiệu lực từ ngày 01/07/2006) ra đời đã xuất hiện một loại hình doanh nghiệp mới là “Nhóm công ty”. Do đó, đến cuối năm 2006, gia đình mới bắt đầu triển khai hình thành tập đoàn có tên là “Tập đoàn Đầu tư Sài Gòn”, với mục đích trở thành một tập đoàn kinh tế mạnh như các tập đoàn kinh tế trên thế giới.
Thứ hai, cơ chế quản lý chưa thay đổi kịp thời: Ban đầu khi thành lập các công ty còn ở quy mô nhỏ, phạm vi hoạt động chủ yếu chỉ trong KCN Tân Tạo, nên công tác quản lý được tập trung về công ty “gốc”, bộ phận kinh doanh, kế toán và hành chính nhân sự của Công ty SCC và Công ty SGI được sử dụng chung cho các công ty dưới sự điều hành chủ chốt của Chủ tịch HĐQT kiêm TGĐ Công ty SCC… Sau đó, mô hình này được nhân ra cho KCN Quế Võ – Bắc Ninh, đến cuối năm 2006 tập đoàn được triển khai hình thành trên quy mô lớn khắp toàn quốc thì cơ chế quản lý trên vẫn còn tồn tại, chưa thay đổi kịp thời so với sự phát triển của tập đoàn.
Thứ ba, vấn đề thuê Tổng giám đốc: các công ty thành viên hoạt động trong điều kiện thị trường có sẵn được phân phối, giá cả gần như được ấn định, vấn đề
còn lại giao dịch nội bộ và luân chuyển vốn giữa các công ty nhằm đạt được hiệu quả chung cho toàn tập đoàn. Đây là công việc quan trọng nhất nhằm tối ưu hóa dòng tiền và tập trung vốn của một tập đoàn. Tuy nhiên, các TGĐ được thuê - người đại diện theo pháp luật trở nên khó khăn hoặc không thích ứng được yêu cầu trong quá trình thực hiện. Do đó, việc thuê TGĐ không được tồn tại lâu dài, chính vì lẽ đó mà các thành viên trong gia đình buộc phải nắm quyền điều hành – đại diện pháp luật của công ty con. Do có nhiều công ty con đảm nhận các dự án có quy mô lớn trải dài từ Bắc đến Nam mà số lượng người điều hành quá ít nên đã hình thành phương thức quản lý và kiểm soát tiền mặt tập trung đã nêu tại mục 2.2.3.1, hậu quả là tồn tại những hạn chế trong cơ chế tài chính của tập đoàn.
Thứ tư, quy mô tập đoàn được mở rộng: Hiện nay, tập đoàn được Chính phủ phê duyệt và cấp phép đầu tư nhiều dự án KCN, khu dân cư, khu du lịch có quy mô lớn trải dài từ Bắc đến Nam. Quy mô vốn cho từng dự án khá lớn, mỗi dự án đều đóng góp quan trọng trong việc phát triển kinh tế tại các địa phương nên việc huy động các nguồn lực kinh tế của tập đoàn hết sức quan trọng nên tổ chức và quản lý hiện tại trở nên không phù hợp.