II. Từ khi có Luật Khuyến khích đầu tư trong nước đến nay
2. Những hạn chế trong quá trình triển khai thực hiện Luật KKĐTTN giai đoạn thực hiện Nghị định số 29/CP
2.3. Về thủ tục hành chính:
Luật KKĐTTN đã bắt đầu cố gắng thể hiện tinh thần "một dấu, một cửa “ trong các quan hệ về thủ tục hành chính giữa các cơ quan Nhà nước và nhà đầu tư. Tuy nhiên trên thực tế việc hướng dẫn thi hành vẫn còn nhiều thủ tục phiền hà, một mặt là do mỗi ngành địa phương tự ban hành cơ chế riêng cho mình; mặt khác một số Luật có liên quan khác chưa được sửa đổi, bổ sung kịp thời.
Trên thực tế các dự án đầu được ưu đãi chủ yếu rơi vào hai loại: thuế và tín dụng (vay từ Quỹ hỗ trợ đầu tư Quốc gia và vay ở các Ngân hàng thương mại) trong đó thuế là loại ưu đãi phổ biến. Trong quy trình thực hiện ưu đãi đầu tư, khoản 2 Điều 25 của Nghị định 29/CP giao cho Uỷ ban Kế hoạch nhà nước (nay là Bộ Kế hoạch và Đầu tư) giúp Chính phủ thực hiện chức năng Quản lý Nhà nước về KKĐTTN thông qua bốn nhiệm vụ và quyền hạn, trong
đó có trình tự quy định trình tự thủ tục, mẫu đơn và giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư áp dụng thống nhất trong cả nước; quyết định cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư cho các doanh nghiệp do Chính phủ cho phép thành lập, đồng thời điều 24 của Nghị định 29/CP cũng quy định: Bộ Tài chính hướng dẫn trình tự, thủ tục để xét được hưởng ưu đãi về thuế. Với điều này Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 94 TC/TCT hướng dẫn thủ tục, trình tự, thẩm quyền xét miễn giảm thuế theo Luật KKĐTTN và Nghị định 29/CP quy định hồ sơ xin miễn, giảm thuế gửi đến cơ quan thuế có thẩm quyền gồm: Quyết định hay giấy phép đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, đơn trình bày của cơ sở kèm theo xác nhận và ý kiến đề nghị cụ thể của cơ quan thuế có thẩm quyền, biên bản kiểm tra quyết toán thuế kèm theo quyết định của năm xét miễn giảm thuế, và những tài liệu liên quan đến dự án đầu tư... Nhiều doanh nghiệp và địa phương phàn nàn về thủ tục quy định như vậy là quá phức tạp về thủ tục hành chính và có tình trạng chồng chéo giữa các cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Nhằm thực hiện cải cách thủ tục hành chính trong việc thành lập doanh nghiệp, Điều 27 của Nghị định 29/CP đã quy định thủ tục xin phép thành lập doanh nghiệp theo chế độ "một cửa", xem đó như một biện pháp khuyến khích thành lập mới doanh nghiệp. Nhưng điều 26 của Nghị định lại chỉ giới hạn đối với các doanh nghiệp thuộc diện được khuyến khích đầu tư. Cần khẳng định thủ tục này được áp dụng cho việc thành lập mới doanh nghiệp cho tất cả các doanh nghiệp, không phân biệt dự án thành lập doanh nghiệp thuộc diện được khuyến khích đầu tư hay không. Trường hợp thuộc diện được khuyến khích đầu tư, việc cấp Giấy phép thành lập doanh nghiệp được thực hiện đồng thời với việc cấp giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư.