• Chất lượng một số loại sản phẩm gạo còn thiếu tính ổn định do các yếu tố đầu vào chưa ổn định. Là đơn vị xuất nhập khẩu quy mô vừa, vốn ít chưa đáp ứng yêu cầu, chưa khai thác tốt tài sản hiện có, tuy có đầu tư nhưng chưa đáp ứng đủ nhu cầu của thị trường đòi hỏi chất lượng ngày càng cao hơn. Công ty tuy đã xây dựng được chiến lược kinh doanh lâu dài nhưng công tác dự báo thị trường còn chưa được quan tâm.
• Khi tiến hành cổ phần hóa, quan hệ tín dụng với các ngân hàng sẽ chuyển từ hình thức tín chấp là chủ yếu sang hình thức là thế chấp. Trong khi vốn điều lệ của công ty thấp so với yêu cầu sản xuất kinh doanh sẽ là một thách thức rất lớn đối với công ty. Bên cạnh đó kinh
doanh hàng nông sản là một ngành đòi hỏi phải có nguồn vốn lớn, ổn định song các ngân hàng lại không cho vay nhiều tiền, chính vì vậy trong thời gian gần đây VIHAFOODCO đang gặp phải khó khăn về tài chính. Tỷ giá hối đoái trong thời gian gần đây lên xuống thất thường do ảnh hưởng của sự suy thoái của nền kinh tế Mỹ cũng ảnh hưởng không nhỏ tới hoạt động kinh doanh của VIHAFOODCO.
• Trên thị trường trong nước, phần lớn các doanh nghiệp xuất khẩu lương thực Việt Nam chỉ tập trung vào hoạt động xuất khẩu mà không đẩy mạnh hoạt động kinh doanh nội địa dù thị trường tiêu thụ lúa gạo Việt Nam với dân số trên 80 triệu dân. Công ty cũng không phải là một ngoại lệ. Thị trường nội địa vẫn chưa được Công ty chú trọng đầu tư đúng mức. Công ty chỉ tập trung xuất khẩu vào các thị trường truyền thống, việc đầu tư mở rộng thị trường mới đã có cố gắng nhưng chưa thực sự được đẩy mạnh.