Chính sách thuế xuất nhập khẩu của Việt Nam thời kỳ này đã có nhiều đổi mới. Ngày 1 -3 - 1992, Luật thuế xuất nhập khẩu đã đợc ban hành. Luật thuế này đã thay thế hoàn toàn luật thuế bn hành năm 1987 do quan hệ thơng mại của Việt Nam thời kỳ này đã có sự thay đổi so với thời kỳ 1986 - 1990. Luật thuế này là cơ sở páp lý cho việc xử lý thuế trong giao dịch thơng mại quốc tế. Dựa vào đó, chính phủ đã quy định hàng hoá xuất nhập khẩu chịu thuế, không thuộc diện chịu thuế, hàng hoá đợc xét miễn thuế, mức thuế xuất cho các loại hàng hoá xuất nhập khẩu. Nghị định 110/HĐBT tháng 3 năm 1992 quy định biểu thuế xuất nhập khẩu của Việt Nam. Theo Nghị định này, thuế nhập khẩu của Việt Nam đợc áp dụng đối với 2782 mặt hàng có 28 mức thuế suất khác nhau từ 0 đến 120%. Còn thuế xuất nhập khẩu áp dụng đối với 10 mặt hàng dao động từ 0 - 45% giá trị hàng hoá xuất khẩu theo giá FOB.
Sau khi đợc ban hành, luật thuế xuất nhập khẩu đã đợc sửa đổi, bổ sung nhiều lần cho phù hợp với tình hình hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu
của các doanh nghiệp cũng và phù hợp với chính sách quản lý và điều hành của Nhà nớc nhất là trong điều kiện hội nhập khu vực và quốc tế. Ngày 5/7/1993, Luật thuế xuất nhập khẩu đợc sửa đổi, bổ sung. Những sửa đổi, bổ sung lần này chú trọng đến trờng hợp miễn thuế đối với doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài và thời hạn nộp thuế đối với hàng xuất nhập khẩu. Đối với hàng là máy móc, vật t, nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu chủ yếu áp dụng mức thuế nhập khẩu từ 0 - 5%, còn mức thuế từ 50 - 60% chủ yếu áp dụng đối với hàng tiêu dùng cao cấp nh rợu, bia, xe ô tô dới 5 chỗ ngồi, máy thu hình có độ nét cao... Những qui định sửa đổi này đã góp phần vừa tăng cờng quản lý chặt chẽ hàng nhập khẩu, vừa tạo điều kiện thuận lợi trong việc hỗ trợ cho sản xuất trong nớc đầu t phát triển xuất khẩu.
Đến ngày 17/11/1998, chính phủ đa ban hành Nghị định 94/CP quy định chi tiết việc sửa đổi, bổ sung một số điều Luật thuế xuất nhập khẩu. Điểm mới trong lần sửa đổi, bổ sung này là thay đổi thuế suất xuất nhập khẩu cho phù hợp với qui định quốc tế mà Việt Nam đã và sẽ thực hiện, qui định thủ tục kê khai và nộp tờ khai hàng hoá xuất nhập khẩu cho cơ quan hải quan nơi có cửa khẩu xuất nhập khẩu hàng hoá. Việc sửa đổi, bổ sung Luật thuế xuất nhập khẩu là hết sức cần thiết, phù hợp với việc áp dụng Luật thuế VAT mới. Mặt khác, việc Việt Nam tham gia vào AFTA, APEC cũng nh các tổ chức khác trong khu vực trên thế giới đòi hỏi phải thực hiện đầy đủ các cam kết quốc tế, đặc biệt là những cam kết về thuế quan. Điều này cũng góp phần bảo vệ lợi ích quốc gia trong điều kiện hội nhập thơng mại quốc tế hiện nay. Chính sách thuế xuất nhập khẩu đã và đang phát huy vai trò là công cụ quản lý vĩ mô toàn bộ hoạt động xuất nhập khẩu trong phạm vi cả nớc, bảo hộ sản xuất trong nớc, đẩy mạnh và nâng cao hiệu quả xuất nhập khẩu.
Trong thời kỳ này, cùng với việc đổi mới, hoàn thiện cơ chế, chính sách xuất khẩu, Chính phủ cũng đã đa ra nhiều biện pháp khuyến khích xuất khẩu nh sửa đổi luật khuyến khích đầu t trong nớctheo hớng dành u đãi cao nhất cho sản xuất hàng xuất khẩu, kéo dài thời hạn nộp thuế nhập khẩu cho vật t, nguyên liệu nhập khẩu phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu, thành lập quỹ th- ởng xuất khẩu, miễn thu thuế nhập khẩu đối với hàng tạm nhập tái xuất, bãi bỏ thuế xuất tiểu ngạch, lập quỹ hỗ trợ tín dụng xuất khẩu... Các biện pháp này đã và đang phát huy hiệu lực trong việc thúc đẩy xuất khẩu.
Việc đổi mới cơ chế và chính sách xuất khẩu nh trên đã mở đờng cho hoạt động xuất khẩu của nớc ta thời kỳ này, khiến cho hoạt động xuất khẩu trở nên sôi động và đem lại hiệu quả cao hơn rất nhiều so với giai đoạn trớc.