Chi tiêu ngân sách chưa thực sự tiết kiệm, bội chi còn cao, hiệu quả đầu tư từ khu vực nhà nước còn thấp. Bội chi ngân sách trong nhiều năm liền liên tục giữ ở mức 5% GDP trong khi quy mô nền kinh tế ngày càng lớn. Tỷ lệ chi đầu tư từ khu vực nhà nước (ngân sách nhà nước, tín dụng nhà nước, doanh nghiệp nhà nước) lớn, nhưng hiệu quả thấp. Tình trạng đầu tư dàn trải, để nhiều công trình dở dang, chậm đưa vào khai thác, sử dụng, còn nhiều thất thoát, kém hiệu quả khá phổ biến đã kéo dài nhiều năm ở cả trung ương và địa phương chậm được khắc phục. Hệ số ICOR của nền kinh tế có xu hướng ngày càng cao.
Chủ trương thí điểm thành lập tập đoàn đa ngành chưa được nhận thức thống nhất để thực hiện tốt. Bên cạnh những kết quả đạt được về nhiều mặt, một số tập đoàn đã đầu tư rộng sang nhiều ngành, nghề, lĩnh vực không thuộc chuyên ngành, thế mạnh của mình, nhất là vào lĩnh vực tài chính, ngân hàng, bất động sản, chứng khoán... Những hoạt động đầu tư này đã gây khó khăn cho quản lý nhà nước đối với hoạt động của các tập đoàn, khó khăn cho ngân hàng nhà nước trong quản lý lưu thông tiền tệ, nếu không được khắc phục sẽ làm tăng tính đầu cơ trên thị trường chứng khoán, thị trường bất động sản, góp phần tăng thêm tình hình lạm phát nền kinh tế.
Vai trò của Nhà nước trong quản lý thị trường, giá cả, xuất nhập khẩu còn hạn chế, chưa có biện pháp điều chỉnh hợp lý.
Quản lý thị trường, giá cả, việc dự báo, điều hòa cung cầu, giá cả một số mặt hàng thiết yếu phục vụ sản xuất và đời sống trên thị trường chưa kịp thời, chưa đồng bộ, kém hiệu quả, dẫn tới tình trạng đầu cơ tăng giá.
Những hạn chế, yếu kém trong cơ cấu, chất lượng, sức cạnh tranh của hàng xuất khẩu Việt Nam (chủ yếu xuất nguyên liệu, nông sản chưa qua chế biến sâu; sản phẩm công nghiệp phần lớn là gia công, lắp ráp trên cơ sở nguyên liệu, phụ tùng, thiết bị nhập khẩu, giá trị gia tăng thấp) chậm được khắc phục, bộc lộ sự yếu kém rõ hơn khi nền kinh tế thế giới có biến động, đồng USD mất giá, lãi suất cho vay trong nước cao...
Trong điều kiện phải thực hiện giảm thuế, mở cửa thị trường theo cam kết với WTO, nhưng cơ cấu sản xuất hàng xuất khẩu chậm được thay đổi, chưa có chính sách hướng dẫn tiêu dùng hợp lý, chưa tận dụng đầy đủ các hàng rào kỹ thuật và các công cụ thị trường cần thiết để hạn chế nhập khẩu những mặt hàng cần phải hạn chế, đã làm tăng thêm nhập siêu.
Hoạt động của thị trường chứng khoán và thị trường bất động sản còn nhiều hạn chế, vướng mắc.
Thị trường chứng khoán phát triển thiếu bền vững; số lượng doanh nghiệp niêm yết chưa nhiều, quy mô doanh nghiệp nhỏ, nhưng mức vốn hóa quá lớn, không phản ánh đúng giá trị thật của doanh nghiệp, đem lại những khoản lợi rất lớn cho công ty phát hành và nhà đầu tư chứng khoán lớn, đồng thời gây thiệt hại cho nhà đầu tư chứng khoán nhỏ, không chuyên nghiệp (chiếm số đông). Các biện pháp can thiệp để khắc phục đà tụt điểm sau thời kỳ tăng trưởng quá nóng của thị trường chứng khoán chậm phát huy tác dụng và chưa đem lại kết quả vững chắc. Nguồn vốn đầu tư gián tiếp của nước ngoài (FII) đổ vào rất lớn nhưng chưa được kiểm soát chặt chẽ.
Việc vay vốn của các tổ chức tín dụng và sự tham gia vào đầu tư bất động sản của nhiều tập đoàn, tổng công ty nhà nước, các doanh nghiệp lớn với nguồn vốn khá lớn chưa được kiểm soát chặt chẽ. Việc chống đầu cơ, đồng thời tháo gỡ vướng mắc cho sự phát triển lành mạnh thị trường bất động sản còn chưa có hiệu quả nên giá cả bất động sản, nhất là ở các đô thị lớn như Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh đã ở mức quá cao, vượt xa hơn nhiều giá trị thực, gây cản trở phát triển thị trường bất động sản lành mạnh, phát triển công nghiệp và góp phần đẩy chỉ số giá tăng cao.