Để phối hợp và đánh giá việc thực hiện Hiệp định CEPT, Hội nghị th- ợng đỉnh ASEAN lần thứ t đã quyết định thành lập hội đồng AFTA (AFTA Council). Hội đồng là một cơ quan bao gồm đại diện là các bộ trởng từ các nớc thành viên và tổng th ký ASEAN. Hội đồng nhóm họp khi cần thiết nhng ít nhất một năm một lần. Hội đồng có trách nhiệm báo cáo lên Hội nghị các Bộ trởng kinh tế ASEAN (AEM). Hội nghị các quan chức cấp cao ASEAN (SEOM) có nghĩa vụ giúp Hội đồng thực hiện nhiệm vụ này. SEOM họp th- ờng kỳ hàng quý để phối hợp thực hiện Hiệp định CEPT tại mỗi nớc thành viên. Dới SEOM là nhóm công tác lâm thời về CEPT để thực hiện AFTA (ITƯG). Nhóm công tác này đã đợc Hội nghị Hội đồng AFTA lần thứ 8 tại Băng Cốc đổi lại thành Uỷ ban điêù phối CEPT để thực hiện AFTA (CCCA). Thành viên của Uỷ ban này gồm đại diện từ các cơ quan Chính phủ khác nhau liên quan trực tiếp đến việc thực hiện Hiệp định CEPT.
Ban th ký ASEAN có chức năng hỗ trợ cho Hội đồng AFTA, SEOM và CCCA trong việc thực hiện Hiệp định CEPT. Để thực hiện chức năng này, Ban th ký ASEAN giám sát tiến trình và ảnh hởng của việc thực hiện Chơng trình CEPT. Mặt khác, Ban th ký ASEAN cũng làm nhiệm vụ tập hợp tất cả các tài liệu liên quan đến việc thực hiện Chơng trình CEPT.
Khu vực t nhân đợc khuyến khích tham gia vào thực hiện CEPT/AFTA thông qua Phòng thơng mại và Công nghiệp ASEAN (ASEAN - CCi).
Hội nghị các Bộ trởng Kinh tế ASEAN (AEM) lần thứ 26 đã quyết định thành lập Vụ AFTA tại Ban th ký ASEAN và các Cơ quan AFTA Quốc gia tại các nớc thành viên nhằm tạo ra một mô hình tổ chức, kênh liên lạc nối Ban th ký ASEAN và các nớc thành viên, giữa các nớc thành viên với nhau đảm bảo chơng trình CEPT thực hiện đợc thuận tiện.