Bên cạnh những mặt tích cực nêu trên, công tác lập giá dự thầu của Công ty vẫn còn bộc lộ một số vấn đề chưa thật hợp lý, làm ảnh hưởng đến khả năng cạnh tranh của giá dự thầu, đó là:
- Đơn giá phần lớn nguyên vật liệu thi công được lấy theo đơn giá chung của địa phương, chưa lập được bộ đơn giá riêng nên giá không bám sát với tình hình thực tế trên thị trường ở thời điểm lập giá.
- Đơn giá xe máy thiết bị thi công được lấy theo đơn giá chung của ngành, chưa lập được bộ đơn giá riêng phù hợp với tình hình năng lực của hệ thống trang thiết bị máy móc hiện tại ở Công ty, nên các chi phí máy so với thực tế còn có sự chênh lệch khá lớn, điều này làm giảm tính cạnh tranh của giá dự thầu.
- Việc quản lý và hạch toán các yếu tố chi phí còn nhiều bất cập, lỏng lẻo, gây khó khăn cho cán bộ lập giá dự thầu trong việc tính toán mức chi phí chung và xác định tỷ lệ lãi dự kiến của mình, do vậy Công ty vẫn áp dụng các tỷ lệ này theo quy định của Nhà nước, điều này làm giảm tính chính xác của công tác lập dự toán.
- Thực tế trong những năm qua, đội ngũ cán bộ nhân viên làm công tác lập giá dự thầu của Công ty đã được đào tạo, nâng cao nghiệp vụ, tuy nhiên số
lượng cán bộ còn thưa, dẫn đến tình trạng một số cán bộ kiêm nhiều vị trí, công việc cùng một lúc, kết quả là làm giảm hiệu suất làm việc; ngoài ra Công ty cũng còn thiếu những cán bộ giỏi về chuyên môn, có kiến thức quản lý kinh tế, có kinh nghiệm để có thể vừa đồng thời lập biện pháp thi công, vừa tính toán giá dự thầu hợp lý.
- Công tác chỉ đạo, tổ chức, phân giao nhiệm vụ chưa rõ ràng, sự phối kết hợp giữa các bộ phận trong Công ty còn chưa chặt chẽ, dẫn đến không đáp ứng được nhu cầu về thông tin thông suốt.
- Tình hình tài chính không lành mạnh, Công ty đang gặp khó khăn rất lớn về vốn, do vậy chưa đủ năng lực tài chính để tham gia nhiều gói thầu cùng một lúc. Đôi khi, giá dự thầu tăng cao một phần là do gánh nặng của việc chi trả lãi vay ngân hàng cho một khoản tiền lớn trong thời gian dài.
- Việc thu thập thông tin về gói thầu, như các thông tin về đặc điểm công trình, điều kiện thi công (địa hình, khí hậu, nguồn nước…), đối thủ cạnh tranh… còn hạn chế nên các thông tin thu được chưa cụ thể và chi tiết, dẫn tới đánh giá không chính xác đối thủ cạnh tranh, khó có thể đề ra được chính sách giá bỏ thầu linh hoạt dựa trên một chiến lược cạnh tranh đúng đắn, dẫn đến việc thực hiện công tác xác định giá dự thầu chưa diễn ra có hệ thống và chặt chẽ, giá bỏ thầu đôi khi chưa thực sự hợp lý.