Cùng với những cơ hội mà thị trường đem lại thì công ty cũng gặp phải những khó khăn thách thức to lớn. Cùng với việc mở rộng giao lưu kinh tế thì
sự cạnh tranh giữa các công ty, giữa các quôc gia ngày càng tăng do việc mở rộng thị trường. Vòng xoáy đó không loại trừ công ty nào kế cả UNIMEX là doanh nghiệp trực thuộc Tổng công ty thương mại HN.Do vậy công ty cần có những bước đi đúng đắn khắc phục thách thức đó.
Mâu thuẫn giữa cung và cầu ngày càng lớn, cung vượt xa cầu. Do xu hướng dỡ bỏ hàng rào thương mại giúp doanh nghiệp ra nhập các thị trường nhiều hơn. Cho nên số lượng các đối thủ cạnh tranh trên thị trường cũng nhiều hơn dẫn đến sự cạnh tranh hết sức gay gắt, dẫn đến tỷ suất lợi nhuận giảm. Chỉ có những doanh nghiệp có tiềm lực tài chính mạnh mới có thể đầu tư vào công nghệ, có khả năng khai thác tối đa điều kiện về môi trường kinh doanh mới có thể tồn tại được. Trong xu thế cạnh tranh đó UNIMEX cần có hướng đi đúng đắn để đứng vững trên thị trường, phát triển đến tương lai.
Khó khăn về vốn cũng ảnh hướng tới hoạt động của công ty, do việc mở rộng thị trương XNK và đầu tư cần vốn lớn và yêu cầu về chất lượng sản phẩm cao nên đây cũng là một hàng rào của sự phát triển của công ty. Vốn hoạt động của công ty một phần được Tổng công ty thương mại Hà Nội cấp chỉ đủ trả lương cho công nhân, còn vốn hoạt động, vốn để chi các khoản chi khác… là do vốn công ty tự có cho nên vấn đề vốn là một vấn đề rất quan trọng ảnh hưởng tới hoạt động của công ty.
Trong khâu quản lý doanh nghiệp công ty gặp nhiều khó khăn do mặt hàng kinh doanh của công ty rất đa dạng, phong phú về chủng loại cũng như chất lượng nên việc quản lý điều phối các mặt hàng cũng la một vấn đề khó khăn. Tuy đội ngũ cán bộ công nhân viên của công ty hầu hết có trình độ cao đẳng, đại học và trên đại học nhưng với yêu cầu cao về kỹ năng quản lý cho nên trình độ nhân sự của công ty vẫn là yếu tố quyết định thành công hay thất bại của UNIMEX.
Hiện nay trong thời kỳ cổ phần hóa doanh nghiệp, sự hoạt động độc lập tách hoàn toàn khỏi hệ thống ngân sách của công ty cũng là một khó khăn do sự che trở của Tổng công ty không còn như trước kía dẫn tới hoạt động của công ty cũng có nhiều thay đổi. Sự thay đổi rõ nét nhất là nguồn vốn của công ty và các hoạt động của công ty sẽ thay đổi. Khó khăn về vốn sẽ là khó khăn lớn nhất do không được Tổng công ty cấp, công ty sẽ phải vay ngoài hoặc cắt các khoản chi khác ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động của công ty. Hoạt động nói chung của công ty sẽ thay đổi, vài dưới sự che trở của Tổng công ty thì việc buôn bán, xuất nhập khẩu và đầu tư diễn ra thuận lợi hơn do có sự đứng đầu của tổng công ty nên hoạt động sẽ trôi chảy dễ dàng hơn, nếu tách ra khỏi tổng công ty thực hiện cổ phần hóa doanh nghiệp sẽ khó khăn trong hoạt động kinh doanh. Một cái khó khăn nữa là khi doanh nghiệp cổ phần hóa, gặp phải những biến động của thị trường như trượt giá, tăng cung hay cầu đột ngột … không có sự giúp đỡ của tổng công ty sẽ làm ảnh hưởng lớn tới khả năng tồn tại cũng như phát triển của công ty.