Doanh nghiệp nhà nước và doanh nghiệp tư nhân khác nhau về quan hệ sở hữu, quy mô, trình độ quản lý,... nhưng hiện tại vẫn áp dụng chung một cơ chế quản lý tài chính. Bất cập lớn nhất là nhà nước can thiệp quá sâu và quá cụ thể nhưng lại không đầy đủ và toàn diện vào hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp tư nhân. Quan điểm này nên được thay đổi triệt để và khẩn chương, Nhà nước chỉ mang tính hướng dẫn và quản lý trên giác độ tổng thể vĩ mô, còn quyền chủđộng ra quyết định và hành vi thì dành lại cho doanh nghiệp.
Hành lang pháp lýđã cóđể quản lý tài chính đối với doanh nghiệp NQD là chưa đầy đủ, đã thế lại có trường hợp chồng chéo phủđịnh lẫn nhau. Kinh tế NQD chưa được quyền bình đẳng thực sự trước pháp luật. Tư duy kinh tế của một số nhà hoạch định chưa thực sự cởi mở và bắt kịp nhu cầu của thời đại.
Nhà nước chưa có chiến lược mạnh trong việc phát triển kinh tế tư nhân. Vì vậy, chưa có nhiều những chính sách mang tính chất vĩ mô trong khuyến khích hỗ trợ sự phát triển của khu vực này. Một số vấn đề về cơ chế quản lý tài chính và các chính sách mang tính hỗ trợ còn đơn điệu kém hiệu quả, vẫn chủ yếu là miến giảm thuế, vay ưu đãi nhưng những chính sách này cũng chỉ có tác dụng vàảnh hưởng hạn chế
Tóm lại, quan trọng là vấn đề về kinh nghiệm, nền kinh tế nước ta nhìn chung còn non trẻ, trình độ phát triển chưa cao vì vậy những bất cập trong cơ chế quản lý cũng là một tất yếu khách quan khó có thể tránh khỏi. Song, chúng ta cần tự tìm ra nguồn gốc của những hạn chế và có giải pháp tháo gỡđể dần hoàn thiện. Tất nhiên đây không phải là việc có thể hoàn thành một sớm một chiều, đó là cả một quá trình phấn đấu tốn nhiều thời gian và công sức.