Với những thanh tựu đã đạt đợc trong hoạt động thanh toán cũng nh trong TTKDTM thì nó vẫn còn bộc lộ những khó khăn cần sớm phải đợc khăc phục. Hoạt đông TTKDTM năm 2002 đã chiếm 78.83% tỷ trọng trong tổng doanh số thanh toán. Con số này tuy cha cao so với các nớc (ví dụ nh ở Indonesia, ấn độ thì TTKDTM…
chiếm khoảng 84%) nhng đến năm 2003 thì tỷ trọng lại giảm xuống còn 74% trong tổng doanh số thanh toán mặc dù số tiền và số món thanh toán đều tăng. Do đó TTKDTM còn có những khó khăn và tồn tại trong các vấn đề:
- Tiến trình hiện đại hoá NH diễn ra còn chậm so với yêu cầu phát triển các sản phẩm kinh doanh NH. Do nếu thay thế toàn bộ máy móc, công nghệ hiện nay đòi hỏi chi phí rất lớn, vợt quá khả năng các NHTM trong nớc, chỉ có thể thay thế và trang bị dần từng bớc.
- Tuy đã tiếp cận đợc với khu vực dân c nhng cha phổ biến, nhất là đối với những ngời có thu nhập đều đặn nh CBCNV Nhà nớc và các doanh nghiệp.
- Hoạt động Maketing của NH cha phát huy đợc hết khả năng của mình, cha chủ động tìm đến với khách hàng.
- Hình thức thanh toán bằng thẻ NH vẫn cha đợc phát triển, vẫn chủ yếu là hình thức thanh toán bằng UNC. Vì những lý do: nếu tiền để trong túi sẽ thuận tiện nhiều hơn, nhất là việc chi tiêu không phải nơi nào cũng tiếp nhận thẻ thanh toán; phải chi phí nhiều hơn cho việc giao dịch (phí sử dụng thẻ, phí giao dịch, phí quản lý hàng năm ),…
tự nhiên mất thêm một khoản trông thấy để lấy cái lợi vô hình; cho dù tiền cất trong NH rất an toàn, nhng số lợng ngời dân đủ điều kiện tham gia dịch vụ còn ít. Điều này càng làm khó khăn hơn trong công tác phát triển.
- Chất lợng thanh toán có lúc không đợc đảm bảo, gây ra sự không thoải mái cho khách hàng.
- Thủ tục thanh toán qua NH còn nhiều phức tạp, nhất thiết khách hàng phải đến NH mới thực hiện thanh toán đợc và thời gian chờ đợi lâu.