Công ty con là công ty bị chi phối bởi Công ty SGI theo phương thức trực tiếp hoặc gián tiếp. Công ty con trong tập đoàn là các pháp nhân độc lập được thành lập dưới hình thức công ty cổ phần hoặc công ty TNHH. Tuy nhiên, hình thức công ty cổ phần có nhiều thuận lợi hơn trong việc huy động vốn bằng cách phát hành chứng khoán, công ty mẹ và các công ty con có thể điều chỉnh nhanh chóng phần vốn đầu tư của mình bằng cách chuyển nhượng cổ phần hoặc bán cổ phiếu ra trị trường.
Sau khi cơ cấu lại vốn chủ sở hữu của các công ty trong tập đoàn, hệ thống công ty con trong tập đoàn gồm:
Công ty con trực tiếp (công ty con cấp 1): là công ty mà công ty mẹ nắm
giữ trực tiếp trên 65% vốn điều lệ, bao gồm: Công ty SCC, Công ty Kinh Bắc, Công ty Sài Gòn - Cần Thơ, Công ty Sài Gòn - Nhơn Hội, Công ty STC, Công ty Saigontel. Do các công ty này giữ vai trò chủ lực trong từng ngành nghề kinh doanh của tập đoàn nên công ty mẹ cần phải nắm giữ cổ phần đủ để đảm bảo chi phối trực tiếp các quyết định quan trong của công ty. Tức là công ty mẹ phải nắm giữ tối thiểu là 65% cổ phần có quyền biểu quyết, tối ưu nhất là nắm giữ 75% cổ phần có quyền biểu quyết của công ty con, đồng thời nắm giữ số ghế HĐQT chi phối và trực tiếp điều hành.
Công ty con gián tiếp (công ty con cấp 2): là công ty mà trong đó cổ đông
gồm: Công ty SCC và công ty con cấp 1 nắm giữ trên 50% vốn điều lệ. Công ty mẹ thực hiện kiểm soát và hợp nhất báo cáo tài chính từ công ty này trên cơ sở của chuẩn mực kế toán Việt Nam. Hệ thống các công ty con cấp 2 gồm: Công ty Sài Gòn – Kinh Bắc, Công ty MCC, Công ty SMC, Công ty Sài Gòn – Quy Nhơn, Công ty Sài Gòn - Bắc Giang, Công ty Sài Gòn - Đà Nẵng, Công ty Sài Gòn – Hải Phòng, Công ty Sài Gòn – Bình Phước, Công ty Sài Gòn – Hàm Tân, Công ty Sài Gòn – Lâm Đồng. Công ty SGI chi phối các công ty này trên cơ sở tập hợp các cổ đông là Công ty SGI và các công ty con cấp một trong tập đoàn nắm giữ cổ phần chi phối. Tuỳ theo mức độ quan trọng và chiến lược kinh doanh trong từng giai đoạn cụ thể mà công ty mẹ tổ chức nắm giữ cổ phần chi phối theo từng mức độ khác nhau. Chẳng hạn, trong giai đoạn hiện nay, nhóm công ty xây dựng đóng vai trò quan trọng trong việc thực hiện tiến độ xây dựng cơ sở hạ tầng KCN, là nguồn hỗ trợ kinh phí đầu vào để hình thành các KCN trẻ trong tập đoàn nên công ty mẹ phải tổ chức nắm giữ ít nhất 65% cổ phần có quyền biểu quyết ở các công con cấp 2 của nhóm này để nắm quyền điều hành công ty một cách thuận lợi.
Công ty SCC là trở thành công ty mẹ của các công ty con cấp 2 thuộc nhóm ngành xây dựng và thay mặt Công ty SGI đảm nhận quyền chi phối hoạt động của các công ty con này. Tức là, các vấn đề quan trọng liên quan đến hoạt động của các công ty con này do Công ty SCC toàn quyền quyết định, đồng thời Công ty SCC
nắm giữ trên 50% cổ phần có quyền biểu quyết. Sự tham gia cổ phần của Công ty SGI vào các công ty này chỉ đóng vai trò định hướng, tăng số ghế trong HĐQT.
Tương tự như Công ty SCC, Công ty STC và Công ty Saigontel sẽ thay mặt Công ty SGI nắm giữ và quyết định các vấn đề quan trọng liên quan đến lĩnh vực khai thác kinh doanh khu du lịch và công nghệ viễn thông, nhưng các công ty này không nắm giữ vai trò chi phối các công ty thuộc nhóm của mình mà chỉ đóng vai trò của một Công ty liên kết, có ảnh hưởng đáng kể đối với các công ty con thuộc nhóm này, Công ty SGI tham gia đầu tư với vai trò của một cổ đông bình thường hoặc để tăng số ghế trong HĐQT khi cần thiết hoặc vì lý do đối ngoại... Nguyên nhân là do lĩnh vực khai thác kinh doanh khu du lịch còn mới mẽ trong tập đoàn, vốn đầu tư lớn, thời gian kéo dài, thời gian thu hồi vốn chậm và đòi hỏi một công tác quản lý mới… Do đó, các ngành này còn nhiều sự phụ thuộc vào các nguồn lực bên ngoài để phát triển.