+ Vì là một đơn vị của Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam nên hoạt động của PVFC chịu sự quản lý, chi phối của Tập đoàn và phải phục vụ trước tiên cho lợi ích của Tập đoàn và các đơn vị thành viên khác, chính vì vậy mà PVFC phải ưu tiên thực hiện thu xếp vốn cho các dự án trong ngành, điều này nhiều khi khiến PVFC bỏ qua những dự án ngoài ngành hấp dẫn và có hiệu quả kinh tế cao hơn, nhất là trong thời kỳ Việt Nam đang trên đà phát triển và nhu cầu vốn đầu tư lớn hơn bao giờ hết.
+ Hệ thống văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh hoạt động của công ty tài chính còn rườm rà, nhiều mâu thuẫn gây khó khăn và trở ngại cho PVFC trong việc phát triển hoạt động thu xếp vốn. Theo như Luật các tổ chức tín dụng thì công ty tài chính không được thực hiện chức năng thanh toán, trong khi đó với vai trò là người thu xếp vốn cho dự án thì PVFC phải chịu trách nhiệm việc quản lý các khoản vay, các giao dịch liên quan tới quản lý nguồn thu từ dự án, PVFC không thể trực tiếp thực hiện các nghiệp vụ này mà phải thông qua tài khoản thanh toán từ các ngân hàng, gây cản trở cho hoạt động thu xếp vốn đồng thời làm PVFC mất một khoản phí cho các ngân hàng.
Ngoài ra, với hình thức đồng tài trợ cho dự án, Ngân hàng Nhà nước mới đưa ra những hướng dẫn chung về trách nhiệm và quyền lợi của các bên tham gia đồng tài trợ mà chưa đưa ra những quy định cụ thể về việc xác định phí, lãi suất cũng như vai trò của các bên tham gia đồng tài trợ. Vì thế, các tổ chức tín dụng khi tham gia đồng tài trợ, vẫn gặp phải những khó khăn như không thể thống nhất điều khoản trong hợp đồng tín dụng nên buộc phải rút lui, gây khó khăn cho chủ đầu tư cũng như các nhà tài trợ còn lại, gây tổn thất và làm giảm uy tín của PVFC đối với khách hàng.