TT KDTM cũng có những rủi ro của nó. Vì trong thanh toán không có sự xuất hiện của tiền mặt nên người cung cấp hàng hóa dịch vụ sẽ cảm thấy không yêu tâm. Để tạo tâm lý an tâm cho khách hàng, đảm bảo tính an toàn bảo mật thông tin cho khách hàng, tính công bằng hợp lý, tránh những rủi ro cho cả khách hàng và ngân hàng thì cần có một hệ thống pháp lý đầy đủ, chặt chẽ, sát thực hợp lý để bảo vệ khách hàng như vậy mới thúc đẩy được TT KDTM phát triển. Các văn bản pháp lý điều chỉnh các thể thức TT KDTM như các Nghị quyết, Nghị định, Quy định, thông tư hướng dẫn…do cơ quan Nhà Nước ban hành sẽ là cơ sở pháp lý để giải quyết các tranh chấp phát sinh, bảo vệ lợi ích cho khách hàng. Những quy định về thủ thục thanh toán được đơn giản hóa, dễ hiểu, dễ sử dụng, theo thông lệ quốc tế sẽ đẩy nhanh tốc độ thanh toán và thu hút được nhiều khách hàng tham gia. Hệ thống các văn bản pháp lý liên quan đến TT KDTM quy định về quyền hạn, trách nhiệm các bên tham gia vào quá trình thanh toán, giám sát và xử lý rủi ro, tranh chấp trong thanh toán, các văn bản về quản lý cung cấp các thông tin thanh toán cũng như các vấn đề có liên quan làm cho khách hàng đang tham gia vào quá trình
thanh toán sẽ yên tâm và tiếp tục gắn bó với ngân hàng, tiếp tục sử dụng các dịch vụ TT KDTM. Vì vậy nếu các văn bản pháp lý bảo vệ được khách hàng,TT KDTM sẽ phát triển, còn văn bản pháp lý chưa hoàn thiện, còn nhiều bất cập chưa bảo vệ được quyền lợi khách hàng và tạo ra niềm tin cho người sử dụng dịch vụ này, thì TT KDTM sẽ không thể phát triển được.