Do sự thay đổi trong các quy định về chế độ kế toán trong doanh nghiệp được Bộ tài chính công bố liên tục dẫn đến khó khăn cho kế toán doanh nghiệp trong việc phản ánh những khoản mục trong báo cáo tài chính. Hơn nữa, do thị trường vốn của Việt Nam chưa phát triển, đặc biệt lại đang chịu ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng tài chính toàn cầu, thị trường chứng khoán đang tụt dốc, khiến cho việc niêm yết cổ phiếu của các doanh nghiệp vừa và nhỏ nói chung không nhiều, điều đó làm cho công tác phân tích tài chính càng bị lơ là. Hiện nay, không có một tổ chức nào đứng ra chuyên chịu trách nhiệm về chất lượng của các thông tin cung cấp trên các website, do đó, chất lượng nguồn thông tin mà doanh nghiệp sử dụng để phục vụ cho quá trình phân tích của mình không đảm bảo luôn chính xác tuyệt đối được.
Ngoài ra, về cơ sở lý luận phân tích, ngay tại các trường Đại học, Cao đẳng cũng chưa được tiếp cận những quy định hướng dẫn việc vận dụng cụ thể trong phân tích tài chính cho các doanh nghiệp vừa và nhỏ. Do đó, rất kho khăn cho việc ứng dụng lý luận vào thực tiễn, và cùng một chỉ tiêu nhưng những nhận xét, đánh giá nó lại khác nhau từ chính các nhà phân tích. Thời gian gần đây, các doanh nghiệp vừa và nhỏ chiếm đa số trong tổng số các doanh nghiệp kinh doanh tại Việt Nam và việc áp dụng phương pháp
tỷ số trong phân tích là thường xuyên nhưng việc tìm kiếm những chỉ tiêu chuẩn của ngành chính xác để làm thước đo so sánh lại rất khó khăn.Thậm chí nếu được cung cấp con số trung bình ngành thì cũng không có sự phân chia cụ thể con số trung bình ngành cho từng nhóm doanh nghiệp có quy mô khác nhau trong khi lợi thế so sánh về quy mô là không thể phủ nhận. Đó là chưa kể đến các công ty hoạt động đa ngành nghề bởi lẽ việc đưa ra chỉ số trung bình ngành cho những loại công ty đặc biệt như thế vô cùng khó khăn, các công ty đa dạng không phụ thuộc vào bất cứ ngành đơn lẻ nào. Đây cũng chính là một trong những nguyên nhân sâu sa khiến cho công tác phân tích tài chính không đạt được hiệu quả như mong muốn.