Cuộc cải cách giáo dục lần này được Paul Beau thực hiện một cách tổng quát và toàn diện trên mọi lĩnh vực giáo dục. Song vẫn còn duy trì song song cùng lúc hai nền giáo dục Pháp - Việt và nền giáo dục Nho học phong kiến.
Nền giáo dục Nho học phong kiến và nền giáo dục Pháp - Việt được chia thành các bậc học khác nhau: bậc Ấu, bậc Tiểu, bậc Trung ở các trường Nho học và Tiểu học, Trung học ở hệ thống các trường Pháp - Việt, và có thêm trường học cho nữ giới và trường dạy nghề. Như vậy, nền giáo dục ở Việt Nam đã trở nên đa dạng hơn so với trước khi Pháp vào xâm lược Việt Nam.
Chất lượng giáo dục sau cải cách lần thứ nhất không đáp ứng được những yêu cầu đã đặt ra của thực dân Pháp, tuy nhiên do thiếu sách giáo khoa, đồng thời chương trình dạy học lại đặt nặng về việc dạy tiếng Pháp so với tiếng Hán và Quốc ngữ, do đó chất lượng giáo dục không thể đặt được theo mong muốn của Pháp là
nhanh chóng đào tạo một lực lượng công nhân lao động có tay nghề và các công chức giúp việc cho thực dân Pháp.Hơn nữa, việc học cùng lúc ba thứ tiếng đã gây không ít khó khăn cho các học sinh khi theo học tại các trường Pháp Việt. Khiến cho khi giao tiếp, thứ ngôn ngữ học được này trở thành “những lời nhại, một sự méo mó đến khủng khiếp của cả hai bên” (Phan Trọng Báu, sdd, tr. 80).
Còn nội dung giảng dạy chữ Quốc ngữ và chữ Pháp ở các trường Hán học tập trung về luật pháp, đơn từ, phong tục,… là những môn cần thiết cho việc cai trị ở các phủ, huyện. Tuy nhiên, các kỳ thi Hội và thi Đình vẫn chưa có sự thay đổi nên trong kỳ thi này thí sinh vẫn phải thi thơ phú, văn sách nhưng trình bày bằng chữ Pháp và chữ Quốc ngữ là hai thể loại chữ mới, chưa quen thuộc với nhân dân ta. Do đó, khi trình bày những vấn đề tài về những vấn đề kinh tế, xã hội mà họ chưa học hỏi được bao nhiêu nên chỉ còn cách lý giải một cách chủ quan, nông cạn và hời hợt. Đến nỗi báo Nam Phong, khi công bố một số bài thi Hội của một số tiến sỹ mới đỗ đã lên tiếng mỉa mai: “Quốc văn cũng như vậy, Hán văn cũng rưa rứa như vậy. Đó là cái tinh hoa của nhân tài nước Đại Nam ta đấy” (Phan Trọng Báu, sdd, tr. 81).
Một vấn đề khác trong việc cải cách giáo dục là sách giáo khoa, thực dân Pháp đã mở ra những kỳ thi biên soạn sách giáo khoa. Nhưng “khốn thay những kỳ biên soạn sách giáo khoa bằng chữ nho và chữ Quốc ngữ cho phù hợp với chương trình năm 1906 không đưa lại một kết quả nào. Không phải là thiếu người dự thi, mà là không có một cuốn sách nào đáng được thừa nhận” (Nguyễn Đăng Tiến, sdd, tr. 202).