Nghị định cải cách giáo dục được ban hành năm 1906 nhưng vì thiếu giáo viên và sách giáo khoa chưa được đồng nhất, nên cuộc cải cách còn gặp nhiều khó khăn, nhất là ở Trung Kỳ và Bắc Kỳ: “Ở Trung và Bắc kỳ sự can thiệp của chúng ta rất khó khăn. Trong các tỉnh của vương quốc Annam cũ đã có một tổ chức (giáo dục) rất xưa cũ do tầng lớp văn thân điều khiển tỏ ra chống lại ý đồ của chúng ta”. Đặc biệt là ở Trung Kỳ, phong trào đấu tranh năn 1908 khiến cho cuộc cải cách của thực dân Pháp không thể tiến hành được. (Nguyễn Đăng Tiến, Sdd, tr. 201).
Nho học đã tồn tại hơn mười thế kỷ mặc dù nền giáo dục này không thể phục vụ cho mục tiêu đào tạo của thực dân Pháp mà chỉ có thể đào tạo những người phục vụ cho chính quyền. “Những nguyên tắc đã làm cho xã hội bản xứ, gia đình được vững mạnh, cha mẹ được kính trọng, chính quyền được tuân thủ đều được rút ra từ các sách Hán học ở trường làng. Ngay từ khi học những chữ đầu tiên, họ đã được học ngay những nguyên tắc nền tảng của luân lý Nho giáo. Họ khắc sâu vào lòng họ những nguyên tắc sẽ dẫn họ trong cả cuộc đời. Chính các trường làng đã đem lại cho họ nền học vấn đó” (Phan Ngọc Liên (2006), Giáo dục và thi cử Việt Nam (trước cách mạng tháng Tám 1945), NXB. Từ điển Bách khoa). Do đó việc xóa bỏ nền giáo dục Nho học không thể thực hiện ngay được mà chỉ có thể xen lẫn vào chương trình giáo dục ấy một số môn học mới và tiếng Pháp; và cùng với nó là một nền giáo dục đào tạo song song bằng hệ thống các trường Pháp – Việt để đào tạo ra những nhân lực phục vụ cho việc cai trị và khai thác thuộc địa của thực dân Pháp.