RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) đƣợc định nghĩa là sự đa hình các đoạn DNA đƣợc khuếch đại ngẫu nhiên. Kỹ thuật này sử dụng các mồi tổng hợp đơn, ngắn (thƣờng khoảng 10 – mer ), trình tự các mồi này đƣợc thiết kế một cách ngẫu nhiên nhằm khuếch đại các trình tự DNA chƣa biết bằng phản ứng PCR. Sau khi
bắt cặp tại các vị trí trên sợi DNA, mồi tiến hành sự khuếch đại để tạo ra các đoạn DNA có kích thƣớc khác nhau. Các đoạn DNA có kích thƣớc khác nhau này đƣợc nhận biết bằng điện di. Một mồi có thể tạo ra sự đa hình DNA giữa các cá thể và các đoạn đa hình này có thể đƣợc dùng nhƣ những chỉ thị.
Hình 2.4 Nguyên tắc của kỹ thuật RAPD
Kỹ thuật RAPD ra đời sau kỹ thuật RFLP, tuy khả năng tạo đa hình tƣơng đƣơng với kỹ thuật RFLP nhƣng quy trình thực hiện đơn giản hơn, chi phí thấp hơn, thu kết quả nhanh hơn, giúp các nhà khoa học có thể thu đƣợc sự đa hình DNA tại rất nhiều locus. Vì các mồi sử dụng trong kỹ thuật RAPD ngắn nên dễ dàng tìm đƣợc các trình tự tƣơng đồng trên DNA bộ gen. Do đó, tính đa hình thu đƣợc từ RAPD là đáng tin cậy vì khi có bất kỳ sự thay đổi một base nitơ nào thì sẽ nó sẽ ngăn cản sự bắt cặp giữa mồi và DNA mạch khuôn. Do tính hiệu quả nên RAPD nhanh chóng có vị trí xứng đáng trong nghiên cứu về sự đa dạng di truyền một số giống cây trồng một và hai lá mầm nhƣ lúa, chuối, dứa, cà chua, cacao…Khái niệm chọn tạo giống phân tử (molecular breeding) hình thành trên cơ sở chức năng chẩn đoán của các kỹ thuật sinh học dựa trên DNA (DNA-based diagnostics) trong đó có kỹ thuật RAPD.