III. Một số tồn tại về công tác quản lý thu thuế đối với khu vực kinh tế NQD ở nước ta hiện nay
8.Về quá trình thực hiện quy trình quản lý thu thuế
Sau hai năm thực hiện Quyết định số:1386/TCT/QĐ/TCCB ngày 16/12/1998 của Tổng cục Thuế với việc thực hiện Luật Thuế GTGT và thuế TNDN, quy trình quản lý thu thuế đối với doanh nghiệp đã cải cách một bước công tác hành thu, nâng cao hiệu quả công tác quản lý thu thuế. Thông qua việc quy định các doanh nghiệp tự tính thuế, tự kê khai và nộp thuế đã khơi dậy được ý thức trách nhiệm trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Mặt khác, phát huy được chức năng, quyền hạn của cơ quan thuế trong việc hành thu theo chức năng Nhà nước quy định, từng bước xoá bỏ chế độ chuyên quản thuế. Tuy nhiên trong quá trình thực hiện một số văn bản quy định về thuế thiếu tính thống nhất đồng bộ dẫn đến những vướng mắc cho cả cơ quan thuế người nộp thuế và một số tồn tại sau:
Số thuế phải nộp trên thông báo thuế thường không đồng nhất với số thuế phải nộp trên tờ khai thuế hoặc trên sổ sách kế toán của doanh nghiệp do việc tính toán lại số thuế phải nộp trên máy vi tính của cơ quan thuế hoặc do việc nhập số liệu không kịp thời, không đồng bộ các loại tờ khai thuế và giấy nộp tiền vào Ngân sách Nhà nước của doanh nghiệp. Dẫn đến tình trạng, khi gửi thông báo nộp thuế đến các doanh nghiệp, đã gây phản ứng làm giảm lòng tin của doanh nghiệp.
Thời điểm gửi tờ thông báo nộp thuế đến doanh nghiệp nhiều khi còn chậm so với thời hạn nộp thuế được quy định ở trong các luật thuế, dẫn
đến các doanh nghiệp nộp chậm thuế. Từ đó đã làm giảm đi tính tích cực chủ động của doanh nghiệp trong việc nộp thuế.
Việc in ấn, chỉnh sửa số liệu nhiều lần dẫn đến việc ra thông báo nộp thuế lãng phí nhiều thời gian, công sức, tiền bạc và kém hiệu quả.