Các dòng nấm sau khi giải trình tự cho kết quả : FC07 3, FC07 7, FC07 10. Trình tự vùng tef của các dòng nấm đọc trình tự đƣợc đối chiếu với dữ liệu của chúng trên NCBI.
1 2 3 4 5 6 7 8 9
So sánh vùng trình tự tef của 3 dòng FC07 3, FC07 7, FC07 10 với nhau và giữa 3 dòng với các dòng trên genbank kết quả thể hiện nhƣ sau:
So sánh trình tự nucleotide vùng tef của 3 dòng nấm FC07 3, FC07 7, FC07 10 sử dụng phần mềm CLUSTAL.
Bảng 4.2. So sánh phần trăm (%) độ tƣơng đồng giữa dòng FC07 – 3, FC07 – 7 và FC07-10 Xác định phần trăm độ tƣơng đồng sử dụng phần mềm ClustalX (1.83) 1: FC07-3 100 100 72 2: FC07-10 100 100 72 3: FC07-7 72 72 100
Qua bảng so sánh 3 dòng nấm trên chúng tôi thấy độ tƣơng đồng giữa FC07 – 3 và FC07 – 10 là 100%, FC07 – 3 và FC07 – 7 là 72%. Nhƣ vậy, dòng FC07 – 3 và dòng FC07 – 10 cùng 1 loài nấm và sự sai khác về nucleotide giữa 2 dòng trên với dòng FC07 – 7 là 28%. Nhƣ vậy, sự sai khác này là khá lớn, có thể dòng FC07 – 7 khác với 2 dòng FC07 – 3 và FC07 – 10.
Để biết mức độ tƣơng đồng giữa 3 dòng nấm trên với các dòng trên genbank chúng tôi tiến hành so sánh trình tự vùng tef của 3dòng FC07 3, FC07 7, FC07 10 với các dòng trên genbank sử dụng phần mềm CLUSTAL.
Bảng 4.3. So sánh phần trăm (%) độ tƣơng đồng giữa 3 dòng FC07 – 3, FC07 – 7, FC07 – 10 với các dòng trên genbank
Xác định phần trăm độ tƣơng đồng sử dụng phần mềm ClustalX (1.83)
1: FC07-3 100 100 99 77 77 75 79 77 68 2: FC07-10 100 100 99 77 77 75 79 77 68 3: DQ465954-F.solani.south-Africa 99 99 100 78 78 75 80 78 67 4: AJ543556-F.culmorum.Nauy 77 77 78 100 98 90 83 83 73 5: AJ543580-F.graminearum.Nauy 77 77 78 98 100 89 83 82 72 6: EF512027-F.langsethiae.Canada 75 75 75 90 89 100 80 81 71 7: DQ295139-F.lateritium.China 79 79 80 83 83 80 100 80 68 8: DQ837692-F.oxysporum.China 77 77 78 83 82 81 80 100 71 9: FC07-7 68 68 67 73 72 71 68 71 100
Qua bảng so sánh độ tƣơng đồng vùng trình tự tef giữa 3 dòng FC07 3, FC07 7, FC07 10 với các dòng trên genbank khi sử dụng phần mềm CLUSTAL. Chúng tôi thấy dòng FC07 3, FC07 10 có độ tƣơng đồng với loài
Fusarium solani là cao nhất 99%. Nhƣ vậy, có thể khẳng định rằng dòng FC07 3, FC07 10 là Fusarium solani. Còn dòng FC07 – 7 có độ tƣơng đồng cao nhất so với các dòng trên genbank cũng chỉ 73%, quá thấp để khẳng định nó là loài nào.
Chúng tôi nghi ngờ nên đã Blast trình tự của dòng FC07-7 sau khi xử lý lên genbank nhƣng vẫn thu đƣợc độ tƣơng đồng rất thấp.
Nguyên nhân không thể khẳng định dòng FC07-7 là do:
Qua so sánh độ tƣơng đồng giữa dòng FC07-7 với một số dòng trên genbank chúng tôi nhận thấy đã khuếch đại đúng vùng chức năng, nhƣng không thể khẳng định tên dòng của FC07-7 do tác động của điều kiện sinh thái, địa lý sống khác
nhau hoặc do đột biến trong quá trình phân chia tế bào nên có sự sai khác và đa dạng trong kiểu gen của dòng trong cùng 1 loài.
Có thể dòng FC07 – 7 chƣa đƣợc nghiên cứu vùng chức năng tef trên genbank nên chúng tôi không thể so sánh đƣợc.
Vậy, nấm gây bệnh thối trên xƣơng rồng ngoài Fusarium solani còn có loài nấm khác còn đang đƣợc tiếp tục nghiên cứu.
Qua đó chúng tôi thấy định danh bằng hình thái không chính xác vì môi trƣờng sống của các giống loài ở những điều kiện khác nhau thì hình thái cũng có sự thay đổi dần để thích nghi, tồn tại và phát triển. Cho nên, định danh phân tử hiệu quả hơn, chính xác hơn. Công cụ trong sinh học phân tử nhƣ: kỹ thuật khuếch đại các vùng bảo tồn giống loài và những vùng chức năng khác, các probe đánh dấu và giải trình tự khuếch đại cung cấp những thông tin chính xác hơn về giống loài.
Kết quả giải trình tự vùng tef của 3 dòng FC07 3, FC07 7, FC07 10
Kết quả giải trình tự của dòng FC07-3
TCGACTCTGGCAAGTCGACCACCGTAAGTCAAACCCTCATCGCGATCTGCTTATCTCGGGTCGTGGAACCCCGCCTGGCA TCTCGGGCGGGGTATTCATCAGCACTTCATGCTGACAATCATCTACAGACCGGTCACTTGATCTACCAGTGCGGTGGTATC GACAAGCGAACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGTTGGTGACATCTCCCCCGATCGCGCCTTGCTATTCCACAACGAATTCCC TCCCTCGCGATACGCTCTGCGCCCGCTTCTCCCGAGTCCCAAAATTTTTGCGGTCCGACCGTAATTTTTTTGGTGGGGCATT TACCCCGCCACTCGGGCGACGTTGGACAAAGCCCTGATCCCTGCACACAAAAACACCAAACCCTCTTGGCGCGCATCAT CACGTGGTTCACAACAGACGCTAACCGGTCCAACAATAGGAAGCCGCTGAGCTCGGTAAGGGTTCCTTCAAGTACGCCTG GGTCCTTGACAAGCTCAAGGCCGAGCGTGAGCGTGGTATCACCATCGACATTGCCCTCTGGAAGTTCGAGACTCCCCGCT ACTATGTCACCGTCATTGGTATGTTGCTGTCACCTCTGTCACACACGTCTCACCACTAACAATCAACAGACGCC
Kết quả giải trình tự của dòng FC07-7
TCGACTCCGGAAAGTCCACCACTGTAAGTTCTCACTCCATGACTGTTTACAATCAGTCTTACCCCGCCATTTTATCTGGTG GGAGTCCCTGCAACAGTATACTGACATTTACAACTAGACCGGTCACTTGATCTACCAGTGCGGTGGTATCGACAAGCGAA CCATCGAGAAGTTCGAGAAGGTAGGTCACTTTTCCCTCGATTCCTGAGCCTTTCCCTACGCGATCGATTCGCTTCACGTCC ATCACCCCGCCCAACATCGATGATATTTTTTTTGCGTGGCTTTTTTATATTGGTGGGGGGTTTTACCCCGCCGAATATGAG AAGCTGGCATTTCGCCCCACCACAAAAATTTTCATCCTTTCTCATGGCTCGTCACAAGCAATCAAGACATGATGCTGACA ACCCACCAATAGGAAGCCGCCGAGCTCGGTAAGGGTTCCTTCAAGTACGCCTGGGTTCTTGACAAGCTCAAGGCCGAGCG TGAGCGTGGTATCACCATCGATATCGCTCTCTGGAAGTTCGAGACTCCTCGCTACTATGTCACCGTCATTGGTAAGTTTTG ATTGACTCATGCATGTCATCATCTATCAGTCACTAACATACATGATAGACGCC
Kết quả giải trình tự của dòng FC07-10
TCGACTCTGGCAAGTCGACCACCGTAAGTCAAACCCTCATCGCGATCTGCTTATCTCGGGTCGTGGAACCCCGCCTGGCA TCTCGGGCGGGGTATTCATCAGTCACTTCATGCTGACAATCATCTACAGACCGGTCACTTGATCTACCAGTGCGGTGGTAT CGACAAGCGAACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGTTGGTGACATCTCCCCCGATCGCGCCTTGCTATTCCACAACGAATTCC CTCCCTCGCGATACGCTCTGCGCCCGCTTCTCCCGAGTCCCAAAATTTTTGCGGTCCGACCGTAATTTTTTTGGTGGGGCA TTTACCCCGCCACTCGGGCGACGTTGGACAAAGCCCTGATCCCTGCACACAAAAACACCAAACCCTCTTGGCGCGCATCA
TCACGTGGTTCACAACAGACGCTAACCGGTCCAACAATAGGAAGCCGCTGAGCTCGGTAAGGGTTCCTTCAAGTACGCCT GGGTCCTTGACAAGCTCAAGGCCGAGCGTGAGCGTGGTATCACCATCGACATTGCCCTCTGGAAGTTCGAGACTCCCCGT ACTATGTCACCGTCATTGGTATGTTGCTGTCACCTCTGTCACACACGTCTCACCACTAACAATCAACAGACGCC