Tuy đã đạt được những thành tựu nhất định trong hoạt động tín dụng, nhưng Chi nhánh Ngân hàng TMCP Quân đội Việt Trì vẫn còn những hạn chế cần khắc phục, đó là chất lượng tín dụng chưa cao, chưa tương xứng với tiềm năng của ngân hàng, cụ thể như sau:
Thứ nhất: Quy mô tín dụng còn nhỏ
Dư nợ: mặc dù tốc độ tăng trưởng dư nợ tăng rất cao, từ 59,142 triệu đồng năm 2006 lên 300,066 triệu đồng năm 2007 (tăng hơn 400% so năm 2006), tuy nhiên mức dư nợ như vậy vẫn là rất khiêm tốn so với nhiều ngân hàng khác trên cùng địa bàn, năm 2006 chiếm 0.9% trong thị phần dư nợ cho vay (theo: Báo cáo Tổng kết hoạt động Ngân hàng tỉnh Phú Thọ 2006 - Bảng 2.5)
Bên cạnh đó, mức dư nợ bình quân cũng chưa cao, năm 2006 là 18,404 triệu đồng, năm 2007 là 195,511 triệu đồng.
Số lượng khách hàng tới vay vốn tại Chi nhánh Ngân hàng TMCP Quân đội Việt Trì còn hạn chế, thể hiện ở doanh số cho vay và dư nợ tín dụng của Ngân hàng còn thấp so với các Ngân hàng quốc doanh và Ngân hàng thương mại cổ phần khác trên địa bàn tỉnh. Số lượng khách hàng đến giao dịch đã tăng đáng kể nhưng số khách hàng có quan hệ vay vốn lại chưa nhiều cụ thể: Năm 2006, khách hàng doanh nghiệp có quan hệ giao dịch là 70 nhưng chỉ có 22 doanh nghiệp có quan hệ vay vốn; khách hàng cá nhân có quan hệ giao dịch là 2.700 khách hàng nhưng chỉ có 83 khách hàng có quan hệ vay vốn. Đến năm 2007 số lượng khách hàng có quan hệ giao dịch đồng thời vay vốn tại ngân hàng đã tăng đáng kể song vẫn chưa tương xứng với tiềm năng của ngân hàng.
Thứ hai: Cơ cấu tín dụng chưa phù hợp
Việc đầu tư cho vay vốn đạt kết quả khá, nhưng chất lượng đầu tư chưa cao. Tỷ trọng cho vay trung và dài hạn chưa cao, năm 2006 chỉ chiếm 6% dư nợ bình quân và đến năm 2007 tăng lên 10%. Lãi suất cho vay còn cứng nhắc chưa phù hợp với quan hệ cung - cầu của thị trường. Sự chủ động tìm kiếm các dự án, phương án sử dụng vốn có hiệu quả còn hạn chế.
Thứ ba: Thu lãi chưa nhiều
Tình hình hoạt động kinh doanh của ngân hàng mặc dù đạt kết quả khá cao, lợi nhuận năm sau cao hơn năm trước, năm 2007 tăng 70.8% so với năm 2006, từ 1.600 triệu đồng lên 2.734 triệu đồng. Tuy nhiên con số này vẫn rất khiêm tốn so với những ngân hàng khác trên cùng địa bàn tỉnh.