Trong quá trình tồn tại và phát triển, chi nhánh đã trải qua các thời kỳ với những tên gọi khác nhau.:
Đầu tiên là chi điểm I Tơng Mai- Chi nhánh ngân hàng kiến thiết Hà Nội (từ 31/10/1963) : Trong thời kỳ chiến tranh (1963-1975) chi điểm I vừa tổ chức lực lợng chiến đấu vừa đảm bảo cung ứng vốn phục vụ các công trình thuộc quận Hai Bà Trng, Đống Đa và huyện Thanh Trì . Thời kỳ phát triển kinh tế, thống nhất đất nớc (1975-1985) chi nhánh tiếp tục nhiệm vụ cung ứng vốn, phục hồi và phát triển kinh tế thủ đô. Nhiệm vụ chủ yếu của chi nhánh là cấp phát vốn đầu t xây dung cho các công trình xây dựng trong khu vực, cho vay đầu t xây dung theo kế hoạch nhà nớc cho các đơn vị thuộc các ngành trên địa bàn
Chi nhánh Ngân hàng Đầu t và Xây dựng huyện Thanh Trì (từ 12/1986): Đây là thời kỳ đảng và nhà nớc ta thực hiện xoá bỏ cơ chế hành chính tập trung quan liêu bao cấp sang cơ chế thị trờng có sự quản lý của Nhà nớc theo định hớng Xã hội chủ nghĩa . Tháng 12/1986 chi nhánh đợc đổi tên thành chi nhánh Ngân hàng Đầu t và Xây dựng huyện Thanh Trì trực thuộc Ngân hàng Đầu t và Xây dựng Hà Nội .Chi nhánh đợc giao nhiệm vụ tiếp tực cấp phát vốn và cho vay đầu t các công trình thuộc quận Hai Bà Trng, Đống Đa và huyện Thanh Trì
Chi nhánh NHĐT & PT huyện thanh trì ( từ 12/1991): Chi nhánh tiếp tục cấp phát và cho vay theo Kế hoạch nhà nớc các công trình thủy lợi, xây dựng cải tạo môi trờng, các công trình nông lâm nghiệp, cho vay vốn lu động phục vụ các đơn vị thi công xây lắp. Từ 1995 hệ thống BIDV chuyển từ ngân hàng cấp
phát sang ngân hàng thơng mại với nhiệm vụ kinh doanh tiền tệ, tín dụng và dịch vụ ngân hàng. Tháng 7/2004 chi nhánh triển khai dự án hiện đại hoá ngân hàng, để kiện toàn bộ máy lãnh đạo, trởng phó các phòng , cán bộ công nhân viên tăng lên 52 ngời, máy móc trang thiết bị hiện đại để tạo đà cho chi nhánh phát triển mạnh các hoạt động ngân hàng
Chi nhánh NHĐT & PT nam Hà Nội ( từ 11/2005): Theo quyết định số 219 QĐ-HĐQT ngày 31/10/2005 của Chủ tịch Hội đồng quản trị NHĐT & PT Việt Nam về việc thành lập chi nhánh NHĐT & PT Nam Hà Nội trên cơ sở nâng cấp chi nhánh cấp 2 Thanh trì. Có trụ sở chính đặt tại Km8 đờng Giải Phóng- quận Hoàng Mai-Hà Nội.
Trải qua quá trình hình thành và phát triển với những biến động thăng trầm, tên gọi và cơ quan cấp trên khác nhau, chi nhánh đã cùng với toàn hệ thống NHĐT & PT đóng góp cho sự nghiệp phát triển kinh tế đất nớc nói chung và trên địa bàn phía nam thủ đô Hà Nội nói riêng.