Các phòng ban trong công ty được tổ chức chặt chẽ phối hợp hoạt động nhằm đạt hiệu quả cao nhất. Mô hình quản lý tập trung từ trên xuống dưới thuận tiện cho việc phân công công việc trong từng cuộc kiểm toán cụ thể, phù hợp với khả năng của từng người, đồng thời Công ty cũng có thể kiểm soát được chất lượng công việc do họ thực hiện.
Ban Giám đốc: chịu trách nhiệm điều hành, chỉ đạo mọi hoạt động của chi nhánh đồng thời chịu trách nhiệm trước khách hàng về Báo cáo kiểm toán do công ty phát hành.
Thực hiện công việc kiểm toán của chi nhánh Công ty A&C tại Hà Nội do 4 phòng nghiệp vụ là phòng nghiệp vụ 1, 2, 3, 4 được tổ chức chặt chẽ thuận lợi cho hoạt động kinh doanh của công ty.
Phòng nghiệp vụ 3 (phòng nghiệp vụ kiểm toán XDCB), phòng nghiệp vụ kiểm toán BCTC (phòng 1, 2, 4): hoạt động kiểm toán BCTC là hoạt động chủ yếu của công ty do đó số lượng kiểm toán viên cũng như số lượng phòng nghiệp vụ cũng chiếm phần lớn trong tổng số phòng của công ty. Việc chia thành các phòng ban cụ thể thuận lợi cho việc thực hiện công việc kiểm toán tại các khách hàng khác nhau, từng phòng ban được chuyên môn hoá nên nâng cao được chất lượng hoạt động kiểm toán mà công ty thực hiện.
Công việc tư vấn - kiểm soát chất lượng của hoạt động kiểm toán do bộ phận tư vấn - kiểm soát chất lượng thực hiện. Nhờ bộ phận này mà các Báo cáo kiểm toán của công ty được kiểm tra chặt chẽ trước khi trình Giám đốc xem xét, ký phát hành.
Tuy nhiên việc phân chia thành nhiều phòng ban cũng gây những khó khăn nhất định trong công tác quản lý của công ty như chi phí phát sinh cao hơn so với việc Công ty chỉ có một hoặc hai phòng ban, cơ chế quản lý cũng phức tạp hơn đòi hỏi sự phối hợp chặt chẽ giữa trưởng nhóm kiểm toán, trưởng phòng nghiệp vụ, phó Giám đốc và Giám đốc.