Đây cũng là một trong những lỗ hổng lớn đối với việc quản lý theo chức năng, dẫn đến việc chuyên môn hóa công việc mà quên đi sự phối hợp giữa các đội. Mà sự phối hợp này mới là những mắt xích quan trọng giúp cho sự quản lý được chặt chẽ hơn và giúp cho sự quản lý của từng đội sẽ tốt hơn. Việc kết hợp này sẽ tạo thành một khối thống nhất trong công tác quản lý.
Các đội không thể tách rời riêng lẻ mà cần phải có những thông tin trao đổi lẫn nhau.
Thực tế tại CCT.PN cho thấy việc phối hợp giữa các đội chức năng chưa thật sự đồng bộ mặc dù Chi cục đã xây dựng một số quy chế phối hợp giữa các đội chức năng. Như việc việc cần được hướng dẫn về chính sách thuế của các đội Kiểm tra đôi khi các đội này tự liên hệ với cơ quan cấp trên (Cục thuế, Tổng cục thuế….) bằng văn bản hoặc trao đổi qua điện thoại mà không trao đổi với Đội Nghiệp vụ thuế Chi cục và cũng không thông tin cho nhau nên dẫn đến có trường hợp hướng dẫn cho NNT giữa các đội trong Chi cục lại trái ngược nhau không thống nhất gây khó khăn cho NNT. Hiện nay, số liệu trên danh bạ (QLT) của đội Kê khai lại không đúng với số CSKD mà các đội đang trực tiếp quản lý, thường
xuyên chênh lệch giữa các đội kê khai và các đội kiểm tra. Số nợ đọng thuế của các CSKD được ghi nhận tại cơ quan thuế với các CSKD cũng có sai lệch chưa thật sự giải quyết triệt để…..
Chính vì vậy cần có sự phối hợp với quy chế rõ ràng gắn với trách nhiệm và nghĩa vụ của từng đội để sự phối hợp này mới có hiệu quả cao và nâng cao được chất lượng quản lý. Đội cần phải xác định những nhu cầu thực tế cần sự hỗ trợ của các đội chức năng khác, trên cơ sở đó sẽ đưa ra những quy chế phối hợp cụ thể và gắn trách nhiệm của từng đội trong việc cung cấp những thông tin đã được quy định.
Hình 2.12: Phối hợp giữa các đội chức năng