Nợ ngắn hạn chiếm phần lớn trong cấu trúc tài chính của các ngân hàng thương mại hơn 90%, nợ trung dài hạn chiếm một tỷ lệ rất nhỏ. Trước và sau khi khủng hoảng không có cải thiện chứng tỏ các ngân hàng chưa quan tâm đến cấu trúc tài chính. Tuy nhiên thay đổi cấu trúc tài chính cần phải cải thiện thương hiệu khả năng chịu đựng rủi ro và cốt yếu hiệu quả kinh doanh cao để các nhà tài trợ tin rằng các khoản cho vay trung dài hạn của họ được an toàn.
Nguồn tài trợ ngắn hạn chủ yếu từ tiền gởi tiết kiệm trong dân cư Ưu điểm kỳ hạn tính theo tháng và tương đối ổn định.
Nhược điểm chi phí (lãi suất tiết kiệm) tương đối cao và cạnh tranh giữa các ngân hàng gai gắt làm cho chi phí tăng thêm như khuyến mãi quà tặng. Ngoài ra cũng có rủi ro lớn khi khách hàng rút đồng loạt dễ mất khả năng thanh khoản.
Nguồn trung dài hạn khó huy động trong dân cư do kỳ hạn dài, thường hình thành từ vốn tài trợ ủy thác đầu tư cho vay tổ chức tín dụng chịu rủi ro. Có thể phát hành trái phiếu, chứng chỉ tiền gởi dài hạn. Phát hành trái phiếu quốc tế vay các tổ chức tín dụng nước ngoài nhưng còn nhiều khó khăn bởi các quy định và các ngân hàng trong nước hệ số tín nhiệm thấp cũng rất khó tiếp cận.
Cho vay chiếm phần lớn trong tổng tài sản của ngân hàng cho vay ngắn hạn và trung hạn có xu hướng giảm. Ngược lại kỳ hạn dài hạn tăng rất nhanh làm gia tăng rủi ro ảnh hưởng đến khả năng thanh khoản. Nếu huy động vốn khó khăn, rủi ro trong kinh doanh chứng khoán, gây ra rủi ro hệ thống rất cao vì hiện nay các ngân hàng đang gia tăng đầu tư chứng khoán trong danh mục tài sản.
Tăng vốn góp đầu tư dài hạn làm phân tán nguồn lực tài chính. Sau khủng hoảng ngân hàng nên tái cấu trúc lại tài sản hạn chế gia tăng tài sản để kiểm soát
rủi ro.
Vốn điều lệ liên tục tăng trong thời gian qua dù vốn chủ sở hữu mới thể hiện năng lực tài chính của ngân hàng nên rất cần giữ lại lợi nhuận. Theo chu kỳ sống các ngân hàng đang trong giai đoạn phát triển cần giữ lại để tái đầu tư thì các ngân hàng lại chia cổ tức khá cao dù là tiền mặt hay cổ tức bằng cổ phiếu sẽ có những ảnh hưởng nhất định. Khi cần tăng vốn lại phát hành thêm cổ phiếu không phải khi nào thị trường củng thuận lợi nhất là sau khủng hoảng.
Bảng 2.22. Lợi nhuận giữ lại của các ngân hàng giai đoạn 2006 - 2009
ĐVT: tỷ đồng Ngân hàng 2006 2007 2008 2009 VCB - 91 1,014 1,652 CTG 57 192 184 836 ACB 336 1,435 697 1,339 EIB 201 398 104 448 STB 436 1,234 984 1,463
(Nguồn báo cáo thường niên của các ngân hàng được kiểm toán) Trong đó năm 2009 lợi nhuận giữ lại một số ngân hàng còn phải chia thêm cổ tức của năm do mới ứng một phần. Với lợi nhuận vài nghìn tỷ đồng như thế lợi nhuận giữ lại còn quá khiêm tốn một phần do áp lực từ cổ đông sẽ được trình bài ở mục sau.