Bên cạnh những thành tựu đã đạt được trong thời gian qua, chính sách tín dụng ĐTPT của Nhà nước do NHPT VN đảm nhận cịn cĩ những hạn chế như sau:
- Cơ chế tín dụng ĐTPT của Nhà nước cịn chậm điều chỉnh, chưa phù hợp với diễn biến thực tế:
+ Đối tượng hưởng ưu đãi cịn dàn trải, quá rộng nên hạn chế khả năng tập trung hỗ trợ phát triển các ngành kinh tế mũi nhọn và các vùng kinh tế khĩ khăn, đặc biệt khĩ khăn của đất nước, ảnh hưởng đến hiệu quả đầu tư.
+ Cơ chế lãi suất chưa điều chỉnh linh hoạt theo diễn biến của thị trường dẫn đến sự bao cấp quá lớn, ngày càng thiếu hụt nguồn vốn cấp bù từ ngân sách nhà nước.
- Nguồn vốn chưa thực sựổn định và bền vững:
+ Vốn điều lệ do ngân sách cấp đã đủ 5.000tỷ đồng nhưng trong đĩ khoảng 2.700 tỷ đồng là được bàn giao từ Tổng cục ĐTPT dưới dạng dư nợ các dự án nên đã hạn chế nhiều đến khả năng tài chính của NHPT (trước đây là Quỹ HTPT).
+ Cơ chế và phương thức huy động vốn chưa đa dạng, chưa thật sự gắn với thị trường như khơng được thu hút ngoại tệ trong nước cho tín dụng ĐTPT, vướng mắc về lãi suất huy động vốn,...
- Khĩ khăn trong vấn đề quản lý và bảo tồn vốn tín dụng ĐTPT:
+ NHPT VN chưa triển khai được việc thanh tốn trực tiếp với các khách hàng, làm hạn chế vai trị kiểm sốt các luồng tiền của khách hàng thơng qua giao dịch tài khoản.
+ Tỷ trọng vốn tín dụng ĐTPT của Nhà nước chiếm tỷ trọng đáng kể trong tổng dư nợ tín dụng của tồn bộ nền kinh tế nhưng chưa nhận được sự giám sát, hỗ trợ thường xuyên của cơ quan quản lý Nhà nước về tiền tệ và tín dụng.
- Hoạt động nghiệp vụ của NHPT VN chưa đa dạng theo yêu cầu của nền kinh tế hướng tới thị trường.