Theo định nghĩa tại phần 1.3.3 thì nhiệm vụ của kiểm toán nội bộ là phải đáp ứng được yêu cầu của các nhà quản lí, đó là: Tài sản của doanh nghiệp có được bảo vệ tốt không, các quy tắc, quy phạm của Công ty có được tuân thủ không, sổ sách tài chính có được ghi chép đầy đủ không. Điều quan trọng nữa là phát hiện gian lận và giữ gìn mọi thứ nguyên vẹn. Trên phạm vi rộng hơn nữa, kiểm toán nội bộ cũng được coi là sự mở rộng liên quan chặt chẽ tới công việc của kiểm toán viên bên ngoài, do đó nếu làm tốt công tác kiểm toán bội bộ sẽ giúp cho nhà quản lí doanh nghiệp, cũng như các cơ quan quản lí nắm vững được hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp ở mọi khâu, do đó nó cũng giúp cho kiểm soát nguồn thu thuế GTGT ngày càng chặt chẽ. Kiểm toán viên bên ngoài quan tâm đến sự đúng đắn của báo cáo tài chính, còn kiểm toán viên nội bộ quan tâm hàng đầu vào hiệu quả chung của các nghiệp vụ và khả năng có lãi của công ty. Việc kiểm tra của cơ quan Thuế đối với hoạt động tài chính của doanh nghiệp cũng giống như là việc kiểm tra của Kiểm toán viên bên ngoài. Do vậy việc kết hợp giữa Kiểm toán nội bộ và cơ quan Thuế nhằm đảm bảo nội dung kiểm toán được đầy đủ, giảm thiểu công việc bị trùng lặp, giúp cho việc kiểm soát chặt chẽ nguồn thu ngay tại doanh nghiệp. Đồng thời, tăng cường tính tự giác của doanh nghiệp đối với việc chấp hành các chủ trương, chính sách của Nhà nước trong đó có việc chấp hành các Luật thuế. Vì vậy, hệ thống kiểm soát nội bộ có vai trò vô cùng quan trọng trong kiểm soát nguồn thu NSNN, đặc biệt là nguồn thu thuế GTGT.
Về nguyên tắc, bộ phận kiểm toán nội bộ trong doanh nghiệp là bộ phận có thể trợ giúp hiệu quả nhất cho công tác kiểm soát nguồn thu thuế GTGT. Bởi vì thuế GTGT bao trùm lên tất cả các giao dịch kinh tế về mua,
bán hàng hoá, dịch vụ của doanh nghiệp, và do vậy khối lượng công việc kiểm soát sẽ là vô cùng lớn. Vì vậy báo cáo kế toán sau khi đã được sự kiểm soát của Kiểm toán nội bộ sẽ giúp cơ quan Thuế nắm chính xác được nguồn thu thuế phát sinh tại doanh nghiệp, nhất là nguồn thu từ thuế GTGT. Hơn nữa, bộ phận kiểm toán nội bộ nếu được thực hiện tốt còn mang ý nghĩa tích cực với doanh nghiệp là kịp thời có những kiến nghị về chính sách thuế, giúp cho Nhà nước nắm được những thông tin về tác động của thuế đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp, do đó có những điều chỉnh kịp thời.
Trên thực tế, khi thực hiện thanh tra, kiểm tra thuế tại các doanh nghiệp, các cán bộ thuế vẫn làm việc trực tiếp với Kế toán trưởng doanh nghiệp. Theo pháp lệnh Kế toán - Thống kê, Kế toán trưởng có hai chức năng: chức năng tổ chức hạch toán kế toán các thông tin kế toán của doanh nghiệp và chức năng kiểm tra kiểm soát của cấp trên đặt tại doanh nghiệp. Hai chức năng đối lập có tính chất chế ước lẫn nhau cùng được đặt vào một con người (Kế toán trưởng) đã tạo ra một môi trường thuận lợi cho việc thao túng thông tin, phản ánh sai lệch kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của Doanh nghiệp. Và mặc dù Bộ Tài chính đã ban hành Quyết định 832/TC/QĐ/CĐKT ngày 28/10/1997 về việc ban hành Quy chế kiểm toán nội bộ để thực hiện việc kiểm tra, xác nhận và đánh giá một cách độc lập, khách quan các thông tin trong nội bộ doanh nghiệp, nhưng trên thực tế, rất ít doanh nghiệp tổ chức một cách nghiêm chỉnh bộ phận kiểm toán nội bộ theo đúng yêu cầu đặt ra.
Trước hết phải kể đến là sự nhận thức không đầy đủ của Giám đốc, Kế toán trưởng cũng như các tổ chức Đảng, Công đoàn về vai trò của kiểm toán nội bộ, thậm chí thái độ và cung cách quản lý của Giám đốc hoặc Hội đồng quản trị có chi phối rất lớn đến việc định hình bộ phận kiểm toán nội bộ trong doanh nghiệp. Bộ máy kiểm toán nội bộ thành lập ra ở đơn vị chỉ mang tính hình thức. Nhiều người làm nhiệm vụ kiểm soát có trình độ
chuyên môn thấp, thậm chí có một số người được giao nhiệm vụ dựa trên một cơ sở duy nhất là đạo đức. Trong tình hình quốc nạn tham nhũng đang gia tăng hiện nay, cá biệt có một số Doanh nghiệp sử dụng Kiểm toán nội bộ làm công cụ nhằm “làm sạch” chứng từ để đối phó với Cơ quan Thuế.
Tiếp theo, đó là sự quản lý và hướng dẫn chuyên môn nghiệp vụ của các cơ quan chức năng của Nhà nước. Hiện nay Bộ Tài chính mới ban hành Quyết định số 832/TC-QĐ/CĐKT ban hành Quy chế kiểm toán nội bộ tại các doanh nghiệp. Tuy nhiên có ý kiến cho rằng đây mới chỉ là giải pháp mang tính tình thế trước thực trạng và nhu cầu kiểm soát nội bộ của các doanh nghiệp, các Tổ chức kinh tế Nhà nước. Và vì Bộ Tài chính vừa là cơ quan quản lý, giám sát các hoạt động tài chính của doanh nghiệp nên việc Bộ Tài chính ban hành và quản lý các chuẩn mực kiểm toán nội bộ là vi phạm nguyên tắc cơ bản nhất của kiểm toán là tính độc lập. Vì những ý kiến trên, và vì sự đòi hỏi của công tác quản lý Nhà nước, hy vọng rằng trong thời gian tới các Luật Kế toán, Luật Kiểm toán ra đời sẽ đặt nền móng một cách vững chắc cho công tác kiểm toán nội bộ tại các doanh nghiệp được triển khai thực hiện.
Những vấn đề trên hiện đã và đang ảnh hưởng rất lớn tới những chuẩn mực chuyên môn của kiểm toán nội bộ, đó là tính độc lập, phạm vi công việc cũng như khả năng chuyên môn, từ đó làm sai lệch các thông tin mà chính ra phản ánh đúng thực trạng hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp và ảnh hưởng đáng kể theo chiều hướng tiêu cực đến kiểm soát thu thuế GTGT.