Theo khái niệm về kiểm toán nội bộ trong cuốn Kiểm toán nội bộ hiện đại của V. Brink và H.Witt thì :
Kiểm toán nội bộ là một chức năng thẩm định độc lập được thiết lập bên trong một tổ chức để xem xét và đánh giá các hoạt động của tổ chức đó, với tư cách là một sự trợ giúp đối với tổ chức đó.
Trong doanh nghiệp, bộ phận kiểm toán nội bộ chịu trách nhiệm xem xét lại một cách định kỳ các biện pháp mà Ban giám đốc và các cơ quan quản lý Nhà nước áp dụng để quản lý và kiểm soát doanh nghiệp. Các mục tiêu chính của kiểm toán nội bộ trong khuôn khổ xem xét định kỳ là kiểm tra các thủ tục có đủ độ an toàn và các thông tin có trung thực, tin cậy hay
không, các nghiệp vụ có hợp thức, tổ chức hoạt động có hiệu quả, cơ cấu có rõ ràng và thích hợp với hoạt động kinh doanh, với chế độ kế toán hay không. Kiểm toán nội bộ có ba chức năng: kiểm tra, xác nhận và đánh giá. Phạm vi kiểm tra, xác nhận và đánh giá của kiểm toán nội bộ bao gồm:
- Độ tin cậy của thông tin tài chính kế toán do kế toán tổng hợp, xử lý và trình bày.
- Tính tuân thủ Luật pháp và các quy chế, các quy định của Nhà nước, các quy định của bản thân doanh nghiệp.
- Tính hiệu lực của hệ thống kiểm soát trong doanh nghiệp.
- Tính hiệu quả của các hoạt động kinh tế và việc sử dụng các nguồn lực, lựa chọn các phương án, các quyết định kinh tế.
Với các chức năng trên, hệ thống kiểm toán nội bộ là đầu mối thu thập, xử lý, phân tích, tổng hợp tất cả các thông tin, nhất là các bảng công bố tài chính của doanh nghiệp. Do vậy, kiểm soát nguồn thu thuế GTGT từ doanh nghiệp cần phải thông qua kiểm toán nội bộ để xác định một cách đầy đủ các thông tin phục vụ cho việc tính thuế, kê khai thuế của doanh nghiệp. Hơn nữa kiểm toán nội bộ cũng giúp cho việc kiểm soát thuế được nhanh chóng, thuận tiện, tiết kiệm thời gian hơn. Tuy vậy, những thông tin từ hệ thống kiểm toán nội bộ là những thông tin thứ cấp. Nghĩa là đã được xử lý trước khi cung cấp cho cơ quan quản lý Nhà nước.