Về nguyên tắc phƣơng pháp này giống nhƣ phƣơng pháp nuôi cấy nốt đơn thân. Điều khác nhau lớn nhất là trong phƣơng pháp nuôi cấy nốt đơn thân có sự kéo dài của chồi, thân và thƣờng không cần đến cytokinin để phát triển.
Trong phƣơng pháp nhân chồi bên, chồi ngọn đƣợc cô lập trên môi trƣờng dinh dƣỡng và các chồi bên từ các nách lá phát triển dƣới ảnh hƣởng của cytokinin với
nồng độ cao. Vai trò của cytokinin lúc này là hạn chế ƣu thế ngọn để cho các chồi bên có thể phát triển. Các chồi bên này đƣợc tiếp tục chuyển sang môi trƣờng mới có bổ sung cytokinin thì các chồi bên mới lại tiếp tục đƣợc tạo ra. Sau đó các chồi này đƣợc chuyển vào môi trƣờng ra rễ và đƣợc đƣa ra ngoài vƣờn ƣơm khi đã có rễ hoàn chỉnh.
Thực tế cả hai phƣơng pháp này thƣờng đƣợc áp dụng chung: đầu tiên, chồi tăng trƣởng bình thƣờng, sau đó bổ sung cytokinin vào môi trƣờng nuôi cấy để cảm ứng sự hình thành các chồi bên.
Phƣơng pháp nhân giống bằng chồi bên đầu tiên đƣợc tiến hành ở cây hoa cẩm chƣớng bởi Hackett và Anderson (1967), sau đó là Adams (1972) và Boxus (1973, 1974) tiến hành trên cây dâu tây, Pierik và công sự (1973, 1974, 1975), Murashige và cộng sự (1974) tiến hành trên cây cúc đồng tiền (Nguyễn Đức Lƣợng, 2002) [8].
Một số yếu tố quan trọng ảnh hưởng lên sự hình thành chồi bên
Nhu cầu về cytokinin rất khác nhau (loại và nồng độ cytokinin).
Nhu cầu cytokinin thay đổi tùy theo giai đoạn nuôi cấy.
Phối hợp auxin ở nồng độ thấp với cytokinin ở nồng độ cao.
Sự cảm ứng tạo mô sẹo với nồng độ cytokinin quá cao có thể tạo ra chồi bất định mang các đột biến.
Khi cấy chuyền nhiều lần, tốc độ tăng sinh chồi bị thay đổi.
Ngoài ra còn có các phƣơng pháp nuôi cấy khác nhƣ: nuôi cấy đỉnh sinh trƣởng, nuôi cấy mô sẹo, phƣơng pháp nuôi cấy tế bào đơn, nuôi cấy protoplast - chuyển gen, nuôi cấy tế bào đơn bội. Tùy theo loại cây và mục đích mà ngƣời ta chọn lựa phƣơng pháp nuôi cấy thích hợp, đem lại hiệu quả cao.