Màu của anthocyanin ñược xác ñịnh bởi cấu trúc hóa học và môi trường bên ngoài. Có thể
hai anthocyanin khác nhau cho màu giống nhau hay hai anthocyanin giống nhau lại cho màu khác nhau.
Khi tăng số nhóm hydroxyl vào phân tử sẽ làm cho nó chuyển từ màu ñỏ sang màu xanh (blue). Khi thay nhóm hydroxyl bằng nhóm methoxyl sẽ làm ngược lại khuynh hướng ñổi màu. pH thấp anthocyanin thường có màu ñỏ, trở thành không màu ở pH cao rồi thành xanh ở pH cao hơn nữa. Sự biến ñổi dạng anthocyanin theo pH:
2.4.3 Các yếu tố ảnh hưởng ñến anthocyanin
+ Nhiệt ñộ: khi tăng nhiệt ñộ sẽ dẫn ñến sự thay ñổi ñộ hấp thu cực ñại, màu của anthocyanin cũng giảm khi gia tăng nhiệt ñộ
+ pH: pH quá cao hoặc quá thấp sẽ dẫn ñến sự thoái hóa màu anthocyanin, hiệu quả của chất màu này ñạt cực ñại ở pH 3,5
+ Thời gian bảo quản và ánh sáng: tăng thời gian bảo quản thì chất màu anthocyanin giảm và khi bảo quản ở các ñiều kiện môi trường khác nhau cũng ảnh hưởng ñến sắc tố
anthocyanin. Thời gian bảo quản và chiếu sáng trực tiếp ảnh hưởng lên sự ổn ñịnh của anthocyanin. Các nhà nghiên cứu ñã cho rằng giữ mẫu ngoài ánh sáng thì nồng ñộ của chất màu giảm mạnh hơn trong tối.
+ Các yếu tố khác cũng có thểảnh hưởng ñến màu anthocyanin như nồng ñộ của các chất màu kết hợp với anthocyanin, tỉ lệ tương ñối trong hỗn hợp các anthocyanin, ảnh hưởng của các sắc tố khác như carotenoid, chlorophyll.