Do đặc điểm thời tiết trong vùng là có mưa và mùa mưa trên địa bàn tỉnh thường đến sớm nên việc canh tác mía hàng năm của tỉnh còn gặp khó khăn trong việc gieo trồng. Thời gian trung bình để cây mía tích luỹ đường để đảm bảo đủ chữ đường là khoảng 9 tháng nhưng do lũ đến sớm nên người đân trồng mía phải thu hoạch mía sớm để chạy lũ, tránh ngập úng nên cây mía không có đủ thời gian tích luỹ đường làm cho gía bán của mía giảm đi, do nhà máy thu mua mía thì căn cứ vào chữ đường để thu mua mía, giá mía có cao hay không là phụ thuộc vào chữ đường trong mía quyết định.
Hoạt động cung cấp mía giống trên địa bàn tỉnh Hậu Giang còn nhiều hạn chế. Hàng năm trên địa bàn tỉnh vẫn còn diện tích canh tác phải sử dụng giống mía cũ. Việc sử dụng giống cũ này của người dân làm ảnh hưởng đến năng suất và chất lượng mía do giống bị suy thoái.
Trong cùng một tiểu vùng canh tác nhỏ nhưng lại có nhiều giống mía được gieo trồng do diện tích bình quân đầu người ít, tập quán canh nhỏ lẻ và ý thức hợp tác trong sản xuất của người dân chưa cao. Vì các giống mía khác nhau thì có thời gian sinh trưởng và phát triển khác nhau. Mà thu hoạch thì rộ nên gây khó khăn trong khâu thu hoạch và chữ đường trong mía thu được còn hạn chế.
Việc sản xuất cây mía được tiến hành ngoài trời trên đồng ruộng nên sau khi thu hoạch phải tiến hành vận chuyển mía đến bãi đổ, nên phương tiện vận chuyển cũng là yếu tố quan trọng góp phần tạo nên thành công trong sản xuất. Nhưng dụng cụ vận chuyển của chúng ta còn hạn chế chưa nhiều, qui mô thì nhỏ cũ kỷ mà hệ
thống kênh rạch trên địa bàn tỉnh thì lại rất là chằn chịt và đa dạng. Chính vì phương tiện vận chuyển nhỏ nên phải đi lại nhiều gây tốn nhiều thời gian từ đó làm ảnh hưởng đến chữ đường trong mía, làm cho các thương lái ngần ngại trong việc thu mua mía nguyên liệu trong dân.
Việc mở rộng quy mô sản xuất còn mang tính tự phát không theo quy hoạch và việc sản xuất còn thụ động trứơc sự diễn biến của tự nhiên.