Hiện nay, EU được coi là thị trường có hệ thống tiêu chuẩn kĩ thuật và vệ sinh an toàn thực phẩm vào loại nghiêm ngặt nhất thế giới. Hàng thủy sản của các nước đưa vào EU phải tuân thủ các quy định sau:
Quy định về vệ sinh: các nước muốn đưa thủy sản vào EU phải nằm trong danh sách các nước được phép xuất khẩu vào EU. Các lô hàng phải kèm theo giấy chứng nhận đáp ứng các yêu cầu của EU do cơ quan chức năng của nước xuất khẩu cấp.
Quy định về chất lượng và an toàn thực phẩm: theo các quy chế 91/492/EEC và 91/493/EEC, các sản phẩm phải đáp ứng tiêu chuẩn cụ thể về vệ sinh, độ tươi, nhiễm vi sinh tối đa, dư lượng hóa chất, chất độc, độc tố sinh học biến và kí sinh trùng.
Quy định về giám sát: Quyết định 94/356/EEC yêu cầu nhà sản xuất có hàng thủy sản xuất khẩu sang EU phải tổ chức giám sát hoạt động sản xuất và chế biến của mình phù hợp với tiêu chuản HACCP. Tiêu chuẩn HACCP là điều kiện quan trọng của doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản vào EU.
Nguyên vật liệu đóng gói cho phép, bao bì và nhãn mác: Hướng dẫn khung 89/109/EEC về nguyên vật liệu tiếp xúc trực tiếp với thức ăn, và hướng dẫn cụ thể đối với vật liệu đóng gói bằng nhựa (hướng dẫn 2002/72/EEC).
Nếu hàng nhập khẩu của bất kì quốc gia nào bị một nước thành viên EU phát hiện có vấn đề về chất lượng lập tức sẽ bị đưa lên hệ thống cảnh báo nhanh về thực phẩm (RASFF) cho tất cả các thành viên khác. Từ đó, EU sẽ có những biện pháp cấm hoặc hạn chế nhập khẩu riêng đối với từng trường hợp vi phạm cụ thể.
Theo quy định mới, từ ngày 1/1/2010, thủy sản nhập khẩu vào EU phải phù hợp với quy định IUU (Illegal unreported and unregulated fishing-Luật phải chứng minh được nguồn gốc thủy sản). Theo đó các lô hàng phải có thông tin từ tên tàu khai thác, tên chủ tàu, phương tiện đánh bắt và vùng biển khai thác, loại sản phẩm và trọng lượng, giấy khai báo chuyến hàng trên biển, trong khu vực cảng, tàu tiếp nhận hoặc đơn vị tiếp nhận trong cảng… Như vậy để xuất khẩu vào EU, doanh nghiệp không thể sử dụng các lô hàng hải sản không rõ nguồn gốc, không đủ chứng từ.