Bên cạnh những lợi ích như đã phân tích ở trên, điện toán đám mây chắc chắn còn rất mới mẻ và có những điều hạn chế không tránh khỏi.
Những lo ngại về an ninh, bảo mật thông tin. Giao trách nhiệm về các ứng dụng và dữ liệu quan trọng cho đối tác thứ ba (nhà dịch vụ), có nghĩa là khách hàng phải biết
chính xác các nhà cung cấp dịch vụ điện toán máy chủ ảo xử lý thế nào về các vấn đề an ninh và kiến trúc hệ thống. Các nhà cung cấp dịch vụ sẽ minh bạch đến mức nào về những chi tiết trên vẫn còn là câu hỏi. Các nhà cung cấp dịch vụ điện toán đám mây thường lưu trữ dữ liệu của nhiều khách hàng khác nhau lên cùng một phần cứng. Trong khi đó, các công ty muốn dữ liệu của họ được tách biệt rõ ràng so với dữ liệu của đối thủ cạnh tranh. Không có gì đáng ngạc nhiên khi những nỗi lo về bảo mật là yếu tố hàng đầu cản trở doanh nghiệp sử dụng điện toán đám mây. Theo một cuộc khảo sát vừa qua của trang web CIO.com, 59% trong số 173 lãnh đạo doanh nghiệp và công nghệ thông tin (CNTT) cho rằng các nhà cung cấp dịch vụ chưa quan tâm đúng mức đến những điều lo ngại về bảo mật của họ.
Hiệu suất hoạt động của các ứng dụng. Các nhà cung cấp công nghệ chưa định ra được đầy đủ mô hình kinh doanh và giá cả, đây cũng là một trong những lý do khiến một số CIO, những người chưa nhìn thấy hiệu quả đầu tư của họ từ SaaS (phần mềm dịch vụ), xem xét điện toán đám mây với cái nhìn nghi hoặc. Tất nhiên là còn có yếu tố khác: đó là sự minh bạch.
Nỗi lo mất kiểm soát. An ninh, độ trễ (latency), dịch vụ kèm theo và tính sẵn sàng là những vấn đề mà các nhà quản lý CNTT quan tâm khi đề cập đến điện toán đám mây. Các nhà cung cấp còn có quá nhiều việc phải làm trong những năm tới để làm hài lòng các CIO. Một số người suy nghĩ rằng họ không còn giữ dữ liệu của họ nữa, nó đang ở một nơi mà họ không có ở đó, không quản lý trực tiếp. Bằng cách tự lưu trữ ứng dụng của mình, một công ty có thể dễ dàng xác định những mục tiêu kiểm soát và duy trì tình trạng toàn vẹn của dữ liệu theo yêu cầu của luật lệ. Tuy nhiên, nếu công ty này muốn đưa những ứng dụng tài chính của mình lên “đám mây”, họ chắc chắn sẽ phải đánh giá lại những mục tiêu kiểm soát để bảo đảm không vi phạm vấn đề tuân thủ luật lệ.
Cơ sở pháp lý. Có thể thấy rằng sở dĩ điện toán đám mây vẫn chưa thông dụng là bởi việc triển khai chúng không hoàn toàn dễ dàng. Ngoài ra, hiện nay nhiều nước, nhất là Việt Nam còn thiếu cơ chế pháp lý phù hợp để hỗ trợ mô hình kinh doanh mới này. Mặt hạn chế nữa là người dùng sẽ bị phụ thuộc vào công nghệ mà nhà cung cấp đưa ra cho họ, khiến cho sự linh hoạt và sáng tạo giảm đi. Cloud computing có nguy cơ lặp
lại khiếm khuyết của mô hình điện toán cũ: các công ty sở hữu những hệ thống máy
tính trung ương lớn (cloud) và mọi người sẽ kết nối với chúng qua các trạm. Người sử dụng cảm thấy bức bối vì chỉ có quyền thực hiện những việc trong phạm vi nhà quản trị cho phép nên không thể bắt kịp cải tiến mới nhất.
Về cơ bản, công nghệ luôn phát triển và sẽ giải quyết các vấn đề trên, còn khung pháp lý không sớm thì muộn cũng sẽ được triển khai. Xét một cách toàn diện, những lợi ích to lớn của điện toán đám mây sẽ dần được khẳng định, và doanh nghiệp luôn đi theo những gì có lợi nhất cho họ.