Trong quá trình thực hiện hợp đồng thuê tàu chuyến nếu có tranh chấp phát sinh phương hại tới quyền lợi của các bên nếu không giải quyết được bằng phương pháp hoà giải người ta thường kiện tụng nhau thông qua trọng tài, nhưng cũng không ít trường hợp kiện tụng nhau thông qua toà án.
Các bên kiện tụng nhau thông qua toà án trong những trường hợp sau: + Trong hợp đồng thuê tàu điều khoản toà án và luật xét xử được quy định rõ.
Khi đã quy định toà án và luật xét xử cụ thể trong hợp đồng nếu có phát sinh kiện tụng thì các bên có thể phát đơn kiện tại toà án cụ thể đó trừ trường hợp hai bên có sự nhất trí thay đổi bằng văn bản.
+ Trường hợp trong hợp đồng không có sự thoả thuận của các bên về trọng tài và toà án xét xử thì khi có phát sinh tranh chấp các bên có thể kiện tụng nhau thông qua toà án.
+ Khi phát sinh vấn đề kiện tụng các bên có sự nhất trí với nhau trong việc chọn trọng tài hoặc toà án xét xử...
Thông thường khi phải kiện tụng nhau qua toà án, người đi kiện - nguyên đơn phải chuẩn bị hồ sơ đầy đủ. Hồ sơ kiện tụng bao giờ cũng phải có đơn kiện và các chứng cứ kèm theo. Đơn kiện chính là bản khai trình sự việc có tuyên thệ. Nội dung của đơn kiện thường bao gồm: tên toà án; tên và địa chỉ của người đi kiện; tên địa chỉ của người bị kiện; kiện về việc gì; yêu sách đề nghị giải quyết...Người đi kiện cần phải tìm hiểu kỹ nội dung và hình thức của đơn kiện khi sử dụng. Nội dung và hình thức của đơn kiện phải theo đúng quy định của luật tố tụng nước toà án xét xử.
Các chứng từ kèm theo đơn kiện là những chứng từ được lập ra trong bộ hồ sơ khiếu nại và sẽ được bổ sung những gì toà án yêu cầu trong thời gian thụ lý hồ sơ. Việc chọn toà án nào để gửi đơn kiện, người đi kiện phải căn cứ vào quy định của hợp đồng thuê tàu và các điều ước có liên quan hoặc sự nhất trí thoả thuận của hai bên. Trường hợp không có quy định thì việc lựa chọn toà án cũng là vấn đề phức tạp. Thông thường người ta chọn toà án nơi xảy ra tranh chấp, bởi vì các
người ta cũng có thể chọn toà án nơi người đi kiện có trụ sở chính đăng ký kinh doanh. Hoặc phải dùng biện pháp chế tài bắt nợ trước rồi đi kiện sau như việc bắt giữ tàu (lien vessel) hoặc bắt giữ hàng (lien cargo). Toà án nào ra lệnh bắt giữ thì có thể đi kiện tại toà án đó. Việc áp dụng luật xét xử cho phù hợp với vụ kiện là quyền của toà án xét xử.